请教：关于消除大分子的平动和转动对MD模拟结果的影响

yihanxu · 发表于 Post on 2019-3-26 11:09:19

本帖最后由 yihanxu 于 2019-3-26 14:30 编辑

老师好，消除大分子的平动和转动对MD模拟结果会有不好的影响吗？什么情况是不可以设置消除平动和转动的呢？谢谢。
我想对溶剂中的高分子消除平动和转动，让高分子在盒子中间，希望这样能有助于避免高分子和其镜像作用，不知道可不可以。

fhh2626 · 发表于 Post on 2019-3-26 15:30:49

一般MD都不会做这样的约束的，通常都是得到模拟轨迹后对轨迹后处理消除大分子的平动和转动（align），VMD里面有个RMSD visualizer tool可以做这个事情

理论上在MD过程做这样的约束也没有什么影响，但是实际上约束大分子的平动和转动需要像体系中施加偏置力（如在NAMD中使用colvars模块约束体系的orientation），这就很依赖于算法了，谁也说不清施加的偏置力是不是对MD过程真的没有影响

caohuiming · 发表于 Post on 2019-3-26 21:13:32

没影响，除非你要考察溶质的扩散运动。

yihanxu · 发表于 Post on 2019-3-27 12:58:21

本帖最后由 yihanxu 于 2019-3-26 23:03 编辑

sob老师好！刚刚看了个金属棒拉伸的例子，也是对它消除了平动和转动，对于消除平动和转动我总是理解的不好，请问为什么有的时候只消除体系平动、有的时候还要同时消除转动呢？

sobereva · 发表于 Post on 2019-3-28 03:11:48

yihanxu 发表于 2019-3-27 12:58
sob老师好！刚刚看了个金属棒拉伸的例子，也是对它消除了平动和转动，对于消除平动和转动我总是理解的不好 ...

看具体情况
诸如模拟个DNA，你不希望模拟过程中出现旋转，导致戳到盒子外面等情况出现，那就消除转动。如果不需要消除的情况那就没必要设

yihanxu · 发表于 Post on 2019-3-28 06:05:51

sobereva 发表于 2019-3-27 13:11
看具体情况
诸如模拟个DNA，你不希望模拟过程中出现旋转，导致戳到盒子外面等情况出现，那就消除转动。 ...

谢谢老师，消除转动会有不好的影响吗？用考虑吗？

sobereva · 发表于 Post on 2019-3-28 07:03:55

yihanxu 发表于 2019-3-28 06:05
谢谢老师，消除转动会有不好的影响吗？用考虑吗？

不会

namd学者 · 发表于 Post on 2021-5-7 16:34:44

yihanxu 发表于 2019-3-28 06:05
谢谢老师，消除转动会有不好的影响吗？用考虑吗？

请问一下NAMD中消除平动的指令是什么呀

yihanxu · 发表于 Post on 2021-5-9 16:37:50

namd学者发表于 2021-5-7 02:34
请问一下NAMD中消除平动的指令是什么呀

我不清楚呢，问问sob老师吧@sobereva

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