讨论：【MM-PBSA】 VS 【MM-GBSA】

知黑守白 · 发表于 Post on 2021-5-20 17:02:45

最近用AMBER做了结合自由能分析，默认计算了PB 和GB，有一些疑问向前辈们请教：

  1. PB和GB的区别仅在算法公式吗？有没有适用体系的区别呢？从我个人的结果来看，PB的能量数值绝对值远小于GB（-100和-20的差异）

  2. 我计算的是DNA和蛋白的体系，可能DNA的命名存在一点差异，使用默认的pb参数时会产生计算报错，在pb的控制选项里加上“inp=2, radiopt=0”的关键字（意思是从拓扑文件里面读取范德华半径信息）才能顺利进行计算，默认的“radiopt=1”amber手册介绍的是“使用预先计算的值”，那么此处会对计算产生影响吗？“预先计算的值”类似于经验参数吗？

  3.mmpbsa.in文件中可以包括“正则模式分析”，请问正则模式分析更具体一点的意义是什么呢？算它有什么用？我查了一圈，得到的答案是“正则分析与原子的振动频率有关”，还是没懂

预先感谢解惑的大佬！！！

fhh2626 · 发表于 Post on 2021-5-20 17:16:54

1. GB是PB的近似
2. 可能会有一点差别，可是你也没得选择，以MM-PBSA的近似程度，个人觉得没有任何影响
3. 是一种极其、特别不靠谱的熵计算方法，简单来说就是没用

知黑守白 · 发表于 Post on 2021-5-20 18:03:57

fhh2626 发表于 2021-5-20 17:16
1. GB是PB的近似
2. 可能会有一点差别，可是你也没得选择，以MM-PBSA的近似程度，个人觉得没有任何影响
3 ...

谢谢您的耐心解答！！！

sobereva · 发表于 Post on 2021-5-20 22:03:55

PB是最普适的，但缺点是耗时高，没法解析地计算受力，因此不适合用于动力学过程中
PB的原理是最严格的，所以大量GB模型的文章都用PB的结果当参照判断GB的设置、求解有效Born半径的方法的合理性。

正则模式分析算熵基本上就是白费时间，耗时很高，但是对结果精度并没什么统计学上的提升。

知黑守白 · 发表于 Post on 2021-5-21 10:03:42

sobereva 发表于 2021-5-20 22:03
PB是最普适的，但缺点是耗时高，没法解析地计算受力，因此不适合用于动力学过程中
PB的原理是最严格的，所 ...

谢谢卢老师解答！

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