溶剂化自由能FEP计算求助

weiyi8061225 · 发表于 Post on 2021-5-19 08:45:42

我在算溶剂化自由能的时候，看到教程中有的是从em开始微扰，然后NVT，NPT都进行了微扰，然后统计数据统计的是最后NPT的，但是有的教程就只进行了NPT的微扰，进行数据统计，这两种微扰主要区别在哪儿？我本身用的就是平衡后的体系，是否还需要从em进行微扰？为什么？谢谢大家的回答！

k64_cc · 发表于 Post on 2021-5-19 14:29:40

本帖最后由 k64_cc 于 2021-5-19 14:31 编辑

都可以，图省事的话从NPT开始就可以。Alchemical method的主旨是对每一个Hamiltonian都要进行平衡态采样，然后再对采样结果进行微扰。对于单个的Hamiltonian，只要你能平衡，怎么采样都行。

你说的第一种方法可以看作对每个Hamiltonian单独平衡，而后进行采样；第二种方法则是相信Hamiltonian接近的体系间可以快速平衡，于是就省略了平衡过程，使用上一个state的平衡态进行模拟。这是一个practical的问题。

weiyi8061225 · 发表于 Post on 2021-5-19 14:50:25

k64_cc 发表于 2021-5-19 14:29
都可以，图省事的话从NPT开始就可以。Alchemical method的主旨是对每一个Hamiltonian都要进行平衡态采样， ...

好的好的，明白了，非常感谢您的回答！

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