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[GROMACS] 求助:gromacs分子动力学盒子设置

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请问各位老师,本人在进行蛋白加配体分子动力学模拟时,根据蛋白尺寸,向蛋白周围拓展1.5nm设置了长方体盒子,进行了200ns的的动力学模拟后,蛋白稍微跑出了盒子边界,请问这样对我的分析结果有影响吗,若是这样不合理,怎么设置长方体盒子,能够确保模拟物质不跑出盒子边界的同时尽量减少计算量,感谢您的解答!

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发表于 Post on 2021-5-27 04:51:11 | 只看该作者 Only view this author
懂得PBC的原理就知道没影响
只需要保证蛋白质和它的镜像距离别太近就行(诸如2nm),用gmx pairdist可以输出整个模拟过程中最近距离
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-5-29 16:18:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-5-27 04:51
懂得PBC的原理就知道没影响
只需要保证蛋白质和它的镜像距离别太近就行(诸如2nm),用gmx pairdist可以输 ...

谢谢卢老师的解答!

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