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[GROMACS] 求助，gromacs中使用pull code的flat bottom pulling

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季伯醇

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楼主
发表于 Post on 2021-5-31 23:35:18 | 只看该作者 Only view this author 回帖奖励 |倒序浏览 Reverse view |阅读模式 Reading model
本人目前在研究18个多肽被石墨烯吸附后自组装现象，将多肽放在六层石墨烯上方1nm，周期性边界条件，担心多肽飘到上方，所以希望使用pull code中flat bottom pulling来实现多肽质心超过一定z坐标高度就被拉力拉回。没有找到flat bottom pulling相关的模板，希望有高人能够指点一下或者提供一下模板。
附一个小问题 pull-ncoords 的含义是什么/(ㄒoㄒ)/~~
ndx文件中的p1-18代表18个多肽

npt.zip

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poly.ndx

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18个多肽的ndx
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