gromacs g_mmpbsa not enough memory求助

yuyancheng2001 · 发表于 Post on 2020-4-20 08:58:25

请问，g_mmpbsa程序是不是不能使用gromacs2019生成的tpr文件?

尝试用graomacs 2019.4版本进行了一次2ns的蛋白-配体的模拟，在使用g_mmpbsa尝试计算结合自由能的时候，显示 not enough memory， cannot allocate memory。

查阅了一些网上其他人的帖子，似乎是g_mmpbsa不支持该版本的tpr文件。

想请问一下，我现在该怎么操作才能计算结合自由能呢？

moluren · 发表于 Post on 2020-4-20 11:19:05

GROMACS计算结合自由能，请问楼主有没有可以学习的相关资料呢，谢谢

yuyancheng2001 · 发表于 Post on 2020-4-20 11:51:49

我整理一下晚点发给你哈

sobereva · 发表于 Post on 2020-4-20 16:26:13

moluren 发表于 2020-4-20 11:19
GROMACS计算结合自由能，请问楼主有没有可以学习的相关资料呢，谢谢

gmxpbsa、g_mmpbsa都可以结合gromacs做MMPBSA计算得到结合自由能，后者在官网有教程。也有其它方式，诸如更严格的FEP，gmx直接可以做。另外，通过自己写脚本结合gmx <=2018版支持的GB模型和能量组设置，也可以用gmx实现MM/GBSA。

yuyancheng2001 · 发表于 Post on 2020-4-21 10:31:23

moluren 发表于 2020-4-20 11:19
GROMACS计算结合自由能，请问楼主有没有可以学习的相关资料呢，谢谢

我只查过g_mmpbsa和gmx_mmpbsa。我只能把我查到的一些资料发给你.
g_mmpbsa简单教程：
http://www.jintiankansha.me/t/W8iXaHvscB#heading-7
g_mmpbsa程序下载：
http://rashmikumari.github.io/g_ ... d-Installation.html
g_mmpbsa参数注释:
http://www.jintiankansha.me/t/UJh245hX1n
g_mmpbsa文章:
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/ci500020m

仅供参考，我学习的时间也比较短。

yuyancheng2001 · 发表于 Post on 2020-4-21 10:32:11

谢谢sob老师

moluren · 发表于 Post on 2020-4-24 12:24:49

非常感谢楼主的分享

芮啦 · 发表于 Post on 2021-6-4 16:06:42

yuyancheng2001 发表于 2020-4-21 10:31
我只查过g_mmpbsa和gmx_mmpbsa。我只能把我查到的一些资料发给你.
g_mmpbsa简单教程：
http://www.jint ...

老师您好，我现在也刚开始学习使用g_mmpbsa来计算结合能，有一点问题希望向您请教一下，请问您的mdp参数文件是采用官网上的参数还是依照自己的体系设定的呢，我的体系中不止有一种阳离子，所以在设定mdp文件中的pcharge、prad等参数时不知道怎么处理，希望向您请教一下，还请您指点一二

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