我想做一个肽链聚合分析，但是遇到挫折，想请教一下单体聚合的问题

xxj9618

我现在有一根自制的主要为α螺旋的单体，想要检验它是二聚体还是三聚体，用gromacs跑standard MD，放入了数根单体后，总是跑着跑着变成了非α螺旋结构这样就不好定义结论了，所以我想请教一下大家，如何才能使得在用gromacs跑MD的时候使得这个单体的螺旋结构不变形的情况下又能看其聚合过程呢？谢谢大家

sobereva

先跑个单体，看看会不会解螺旋，如果会的话，而且你确认实际中这就应该是alpha螺旋，那你换力场再试试，最后实在不行给相应的氢键加一些限制势。得先确保跑单体的时候螺旋能维持住，再跑多聚体。

xxj9618

sobereva 发表于 2015-11-9 17:16
先跑个单体，看看会不会解螺旋，如果会的话，而且你确认实际中这就应该是alpha螺旋，那你换力场再试试，最 ...

谢谢sob老师，使用gromacs可以给相应的氢键加限制势吗？

sobereva

xxj9618 发表于 2015-11-10 15:16
谢谢sob老师，使用gromacs可以给相应的氢键加限制势吗？

可以

xxj9618

sobereva 发表于 2015-11-10 16:00
可以

sob老师，我最近翻阅gromacs的手册，看到这样的描述
For even larger time steps, angle vibrations involving hydrogen atoms can be removed using virtual interaction sites(see sec. 6.8), which brings the shortest time step up to PME mesh update frequency of a multiple time stepping scheme.
所以我去看了一下 virtual interaction sites（虚拟作用位点）的方法，里面有6中类型，然后每种类型都有参数，例如type2，wi=1-a ; wj = a。（4.7）
gromacs里的表述有一个例子 （5.2.2）
[ virtual_sites2 ]
; Site  from  funct    a
    5    1 2     1      0.7439756
我想请教一下这个a是怎么确定的？
并且后面还说了一个更普遍的方法构建虚拟位点
[ virtual_sitesn ]
; Site   funct     from
    5       1       1 2 3 4
就这么简单？不用任何参数，只要指定原子就行？
多次请教sob老师都有点不好意思了，真是万分感谢啊。

sobereva

xxj9618 发表于 2015-12-11 11:26
sob老师，我最近翻阅gromacs的手册，看到这样的描述
For even larger time steps, angle vibrations inv ...

我一般不用这个。如果是想消除键角振动来用更大步长，把键角设约束就行了。

xxj9618

sobereva 发表于 2015-12-11 17:48
我一般不用这个。如果是想消除键角振动来用更大步长，把键角设约束就行了。

sob老师，LINCS好像无法用于耦合键角约束，然后SHAKE无法用于多核运算。然而gromacs的constraint-algorithm只有这两个做法，那么我设置lincs-warnangle为10是否具有可行性。