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[GROMACS] NAL ORN氨基酸在CHARMM36力场里原子怎么命名?

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你好!

我想用pdb2gmx生成包涵NAL和ORN氨基酸的肽的参数,但是程序报错显示NAL属于Other类型,不是蛋白质残基,

请问是因为我的氨基酸原子命名不对吗?
附上氨基酸的PDB结构和报错内容



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发表于 Post on 2023-1-30 11:59:05 | 只看该作者 Only view this author
提示写明了,自己改residuetypes.dat,把自定义残基名字写进去让gromacs认成是蛋白质残基
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-1-30 13:18:45 | 只看该作者 Only view this author
老师,在CHARMM36力场的aminoacids.rtp文件中有NAL这个氨基酸,为什么pdb2gmx程序不能识别这个氨基酸是蛋白质类型的呢?

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发表于 Post on 2023-1-30 14:35:25 | 只看该作者 Only view this author
残基类型在residuetypes.dat里面设置,不是aminoacids.rtp,residuetypes.dat和各力场文件在同一级目录下

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-1-30 14:59:40 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 灵芝5 于 2023-1-30 17:04 编辑

老师,请问这个NAL氨基酸的原子命名是否正确?

已经改过residuetypes.dat,把NAL加进去,但是加离子时报错说这个氨基酸的主链二面角项没有,请问是因为原子命名顺序不对吗?报错的itp文件在下面

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202301301459336668..png

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topol_Protein_chain_B.itp

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