关于模拟过程中冻结部分原子，无法开始跑

xsc6 · 发表于 Post on 2024-6-28 17:21:37

各位老师好，我想模拟一个分子在一个生物组装体表面的吸附，我想把组装体冻结住，于是使用 freezegrps = MOL freezedim = Y Y Y ，但是这样子就无法开始，直接报错，但是如果我去掉这个冻结，或者只冻结某一个方向，就可以开始正常跑，请问这样的问题改如何解决呢（组装体来源于晶体cif文件，所以想冻住,还是说可以不用冻住呢）

md_freeze.mdp (721 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 4)

md.log (18.63 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

sobereva · 发表于 Post on 2024-6-28 17:41:36

有真空区的情况不应当用DispCorr = EnerPres
annealing = single sngle里第二个single都没拼对
改成位置限制再试
表面部分原子不应当固定，靠近体相部分原子应当固定

xsc6 · 发表于 Post on 2024-6-28 18:37:55

sobereva 发表于 2024-6-28 17:41
有真空区的情况不应当用DispCorr = EnerPres
annealing = single sngle里第二个single都没拼对
改成 ...

好的sob老师，我先试试，谢谢老师

xsc6 · 发表于 Post on 2024-6-28 18:47:04

sobereva 发表于 2024-6-28 17:41
有真空区的情况不应当用DispCorr = EnerPres
annealing = single sngle里第二个single都没拼对
改成 ...

老师，我可能没表述清楚，不应该是真空区，有体系填充了水分子，但是为了看的清楚隐藏了水

xsc6 · 发表于 Post on 2024-6-29 13:26:08

本帖最后由 xsc6 于 2024-6-29 14:20 编辑

sobereva 发表于 2024-6-28 17:41
有真空区的情况不应当用DispCorr = EnerPres
annealing = single sngle里第二个single都没拼对
改成 ...

老师您好！根据您的建议，我写了一个porse.itp文件，由于组装体有1100个原子左右，我不太知道如何能够快速产生固定某些原子的位置限制文件，不知道有没有好的方法（例如能否有在gview中选择原子然后快速产生限制文件的办法，我看了老师您培训班的文件里，看了几个都是通过pdb2gmx产生的），因此我手动选择了部分C原子固定（随机选取的，每个分子选了几个），但是实际效果不太好，变化还是很大，也不知道限制有没有生效，我上传了top文件 mdp文件和posre，谢谢老师

topol.top (2.23 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

md.mdp (728 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 0)

posre.itp (2.09 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

后续：我从sob老师的培训班文件中找了一个posre文件，然后改了一下，使得又1120个原子中有860个被限制，可以跑起来跑完再看看

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