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[Gaussian/gview] 求助高斯频率分析Coord Atom Element下面的数据是什么意思

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新手求助,各位老师好,图片中的这个Coord Atom Element下面的数据是什么意思呀~谢谢老师了

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发表于 Post on 2021-6-17 23:27:21 | 只看该作者 Only view this author
coord 1=x, 2=y, 3=z
atom就是原子编号
element是原子序数,比如6就代表碳
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-17 23:34:37 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-6-17 23:27
coord 1=x, 2=y, 3=z
atom就是原子编号
element是原子序数,比如6就代表碳

可能是我没表述清楚,我想知道这个深层含义,是不是代表Hessian矩阵的本征向量矩阵呢,因为我想将笛卡尔坐标转化为简正坐标改如何转化呢

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发表于 Post on 2021-6-17 23:36:39 | 只看该作者 Only view this author
任嘉人amber 发表于 2021-6-17 16:34
可能是我没表述清楚,我想知道这个深层含义,是不是代表Hessian矩阵的本征向量矩阵呢,因为我想将笛卡尔 ...

抱歉我没看到你问的是这行字“下面”的数据是什么意思。
是mass-weighted Hessian的本征矢。不过建议从fchk里读取本征矢数据,那里读到的有效数字位数比较多
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-17 23:41:23 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-6-17 23:36
抱歉我没看到你问的是这行字“下面”的数据是什么意思。
是mass-weighted Hessian的本征矢。不过建议从f ...

哇,谢谢啦,那我还想问一个问题就是这个本征矢有单位么

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发表于 Post on 2021-6-18 01:21:20 | 只看该作者 Only view this author
利用这里面的代码可以基于fch里的Hessian计算本征矢
基于fch中的Hessian矩阵计算振动频率的简单程序Hess2freq
http://sobereva.com/328http://bbs.keinsci.com/thread-3368-1-1.html


没有单位

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-18 09:45:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-6-18 01:21
利用这里面的代码可以基于fch里的Hessian计算本征矢
基于fch中的Hessian矩阵计算振动频率的简单程序Hess2f ...

谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-18 11:12:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-6-18 01:21
利用这里面的代码可以基于fch里的Hessian计算本征矢
基于fch中的Hessian矩阵计算振动频率的简单程序Hess2f ...

老师我还有一个问题,就是我已经用这个质量加权的hessian矩阵将笛卡尔坐标下两个电子态的位移,也就是△Q的平方,我看这个计算黄昆因子的公式是s=(w/2h)*△Q2,如图所示,如果△Q是无量纲的话,那黄昆因子就有单位了是J/s2,请问一下这个单位我该如何转化呢。

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