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[GROMACS] GMX中跑复合物时配体电离的问题

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请问处理配体电离的时候,对于类似这个分子

是应该处理成这种情况么:
也就是把两端都电离,对于cooh的话就是少一个h,对于NH2就是多一个H(净电荷还是零)?然后把这个和受体组合起来去做动力学模拟么?还是说我的理解有问题呢?

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发表于 Post on 2021-6-18 18:45:14 | 只看该作者 Only view this author
就是这样

羧基那边叫质子解离,NH2那边叫质子化。不叫电离

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黄舒伟 + 5 谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-18 20:07:57 | 只看该作者 Only view this author
好的,谢谢社长指正。

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