体系运行特别慢，如何修改mdp?

XYwinne · 发表于 Post on 2017-3-13 12:26:08

10*10*10的盒子，16核，为什么跑的特别慢，一天1ns
mdp如图所示

diaok · 发表于 Post on 2017-3-13 12:59:46

体系大了慢不是很正常吗？
5*5*5 8核一天5ns
计算量*8/2 5/4

sobereva · 发表于 Post on 2017-3-13 13:15:37

跟体系关系很大。说盒子尺寸没用，何况你的体系貌似还有真空区。一天1ns完全在正常范围

把rcoulomb和rvdw都减小到1.2，或者连同rlist一起减小到1.0可以提升速度。

ruanyang · 发表于 Post on 2017-3-14 08:49:25

我对 wall setting的设置很感兴趣。这里面的 wall-atomtype 是不是可以设置成任意的原子类型呢？比如C

XYwinne · 发表于 Post on 2017-3-25 22:35:28

ruanyang 发表于 2017-3-14 08:49
我对 wall setting的设置很感兴趣。这里面的 wall-atomtype 是不是可以设置成任意的原子类型呢？比如C

不是，你得查看你的力场中有没有这种原子类型，最好对照力场中给的类型。

XYwinne · 发表于 Post on 2017-3-28 00:08:37

sobereva 发表于 2017-3-13 13:15
跟体系关系很大。说盒子尺寸没用，何况你的体系貌似还有真空区。一天1ns完全在正常范围

把rcoulomb和rvd ...

最近一直再调试这个，把wall和freeze都删了，速度很快啊，一天15ns，就是无机固体弯了！！！而且这样也不是我想要的体系。sob老师有没有教程学习下

XYwinne · 发表于 Post on 2017-4-4 20:57:38

sobereva 发表于 2017-3-13 13:15
跟体系关系很大。说盒子尺寸没用，何况你的体系貌似还有真空区。一天1ns完全在正常范围

把rcoulomb和rvd ...

sob老师，另外再请教个问题，wall设置是不是不能跑npt，我跑npt体积不压缩反而扩大了，出现真空区。

xxzj · 发表于 Post on 2021-6-19 20:21:07

本帖最后由 xxzj 于 2021-6-19 21:20 编辑

sobereva 发表于 2017-3-13 13:15
跟体系关系很大。说盒子尺寸没用，何况你的体系貌似还有真空区。一天1ns完全在正常范围

把rcoulomb和rvd ...

老师，我使用gromacs进行能量最小化时出现了下面的警告和错误，显示pdb中原子数目为0，但是打开pdb文件是正常的，所以想请问老师是否是哪些设置错误了？辛苦老师了

sobereva · 发表于 Post on 2021-6-20 17:43:58

xxzj 发表于 2021-6-19 20:21
老师，我使用gromacs进行能量最小化时出现了下面的警告和错误，显示pdb中原子数目为0，但是打开pdb文件是 ...

你的pdb明显有问题，正规的pdb格式里根本没有叫HETBTM的字段。文件就连在VMD中都没法载入

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