求助mdrun中的崩溃问题

zhangzh

使用mdrun的时候给出了如下的错误信息
Command line:
  gmx mdrun -v -deffnm md


Back Off! I just backed up md.log to ./#md.log.1#
Compiled SIMD: SSE2, but for this host/run AVX2_256 might be better (see log).
The current CPU can measure timings more accurately than the code in
gmx mdrun was configured to use. This might affect your simulation
speed as accurate timings are needed for load-balancing.
Please consider rebuilding gmx mdrun with the GMX_USE_RDTSCP=ON CMake option.
Reading file md.tpr, VERSION 2019.4 (single precision)

Multiple energy groups is not implemented for GPUs, falling back to the CPU. For better performance, run on the GPU without energy groups and then do gmx mdrun -rerun option on the trajectory with an energy group .tpr file.
Changing nstlist from 5 to 50, rlist from 1 to 1.112


Using 1 MPI thread
Using 8 OpenMP threads


Back Off! I just backed up md.trr to ./#md.trr.1#

Back Off! I just backed up md.edr to ./#md.edr.1#
starting mdrun 'LYSOZYME in water'
500000 steps,   1000.0 ps.

Step 0, time 0 (ps)  LINCS WARNING
relative constraint deviation after LINCS:
rms 90982.046875, max 1207933.375000 (between atoms 1696 and 1697)
bonds that rotated more than 30 degrees:
atom 1 atom 2  angle  previous, current, constraint length
    277    278   51.5    0.1090   0.1090      0.1090
   1696   1697   73.5    0.1090 131664.8281      0.1090
   1698   1699   91.0    0.1090 62250.7578      0.1090
   1701   1702   64.0    0.0972 8294.1514      0.0972
   1704   1705   64.4    0.1090 3904.5688      0.1090
   1706   1707   90.0    0.1090   0.6298      0.1090
   1708   1709   90.0    0.1090   0.5924      0.1090
   1708   1710  102.7    0.1090 140.6621      0.1090
   1711   1712   33.1    0.1090 66669.9219      0.1090
   1711   1713  146.9    0.1090 109749.3281      0.1090
   1714   1715   59.1    0.1090 45960.4102      0.1090
   1714   1716  113.7    0.1090 3800.2761      0.1090
   1714   1717  117.9    0.1090 339.4270      0.1090
   1714   1717  117.9    0.1090 339.4270      0.1090

step 0: One or more water molecules can not be settled.
Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate.

Back Off! I just backed up step0b.pdb to ./#step0b.pdb.4#

Back Off! I just backed up step0c.pdb to ./#step0c.pdb.4#
Wrote pdb files with previous and current coordinates
step 0Warning: Only triclinic boxes with the first vector parallel to the x-axis and the second vector in the xy-plane are supported.
         Box (3x3):
            Box[    0]={        -nan,         -nan,         -nan}
            Box[    1]={        -nan,         -nan,         -nan}
            Box[    2]={        -nan,         -nan,         -nan}
         Can not fix pbc.

Warning: Only triclinic boxes with the first vector parallel to the x-axis and the second vector in the xy-plane are supported.
         Box (3x3):
            Box[    0]={        -nan,         -nan,         -nan}
            Box[    1]={        -nan,         -nan,         -nan}
            Box[    2]={        -nan,         -nan,         -nan}
         Can not fix pbc.

请问最后的warning是什么意思呢，应该如何解决？
附输入文件（用md.mdp生成tpr，mdrun执行时报错）

sobereva

mdp并没显著问题。

zhangzh

sobereva 发表于 2020-6-30 18:55
mdp并没显著问题。

又做了一遍能量最小化居然好了。请问一下最后那几行box的报错是什么意思呢？

5撇到3撇

sobereva 发表于 2020-6-30 18:55
mdp并没显著问题。

老师想请教一下，假如在模拟了一段时间后出现bad contact的话，就是从力场和mdp设定来考虑解决办法吗？

Jotaro

5撇到3撇 发表于 2022-6-16 23:09
老师想请教一下，假如在模拟了一段时间后出现bad contact的话，就是从力场和mdp设定来考虑解决办法吗？

需要先看轨迹变化再结合log文件，特殊情况下可以考虑增加tau_p至3.0或3.5

sobereva

5撇到3撇 发表于 2022-6-16 23:09
老师想请教一下，假如在模拟了一段时间后出现bad contact的话，就是从力场和mdp设定来考虑解决办法吗？

照着排查
http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

5撇到3撇

Jotaro 发表于 2022-6-17 11:11
需要先看轨迹变化再结合log文件，特殊情况下可以考虑增加tau_p至3.0或3.5

嗯嗯谢谢

5撇到3撇

sobereva 发表于 2022-6-17 15:48
照着排查
http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

好的谢谢老师！

Cephii

我也遇到了这个问题，很多时候是一开始能量极小化的收敛条件设的不严导致得到的构象内部不合理相互作用仍然很大。能量极小化时间长一点确保Fnorm达到收敛条件之后，再跑限制性动力学和长时间md可能就可以解决。

L-jun

Cephii 发表于 2022-8-3 13:03
我也遇到了这个问题，很多时候是一开始能量极小化的收敛条件设的不严导致得到的构象内部不合理相互作用仍然 ...

请问怎么确保确保Fnorm达到收敛条件，在哪里设置呀