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[CP2K] 求助 合金结构优化报错 版本编译出现问题

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本帖最后由 萧瑟 于 2021-6-29 13:13 编辑

总是在这卡住了  过了好几个小时也没反应
我在服务器上看了 cpu还在占用   内存也没有满 但就是没有反应  是为什么?烦请各位老师解答一下

QQ图片20210626183739.png (56.88 KB, 下载次数 Times of downloads: 44)

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pd.inp

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发表于 Post on 2021-6-26 22:29:43 | 只看该作者 Only view this author
OPTIMIZER BFGS改成OPTIMIZER LBFGS再试
并行方式也改改试试,比如不同核数。如果之前用的psmp版,改用popt
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-27 14:55:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-6-26 22:29
OPTIMIZER BFGS改成OPTIMIZER LBFGS再试
并行方式也改改试试,比如不同核数。如果之前用的psmp版,改用pop ...

好的  谢谢sob老师  我去试试

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-27 17:56:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-6-26 22:29
OPTIMIZER BFGS改成OPTIMIZER LBFGS再试
并行方式也改改试试,比如不同核数。如果之前用的psmp版,改用pop ...

老师  我更改了之后运行 计算完128步SCF 之后就会出现
Program received signal SIGSEGV: Segmentation fault - invalid memory reference.
Backtrace for this error:
有人回复说是MPI内存不够还是什么    我是用的12核的服务器  全占用的 然后慢慢下调现在8核依然会有如上报错。请问该怎么办?

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发表于 Post on 2021-6-27 20:20:56 | 只看该作者 Only view this author
萧瑟 发表于 2021-6-27 17:56
老师  我更改了之后运行 计算完128步SCF 之后就会出现
Program received signal SIGSEGV: Segmentation  ...

怎么那么巧就128步后出现?每次都是128步才出现?其它体系或其它设置有无问题?
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-27 20:42:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-6-27 20:20
怎么那么巧就128步后出现?每次都是128步才出现?其它体系或其它设置有无问题?

就是默认设置的128步之后没有收敛 然后进行下一步的优化的时候就会报错   结构优化  MD都是这样的   ,就是算能量的话不会出现这个问题 但是体系依然不收敛  甚至没有收敛迹象 能量的幅度也很大(这个应该是体系设置的问题)。  是不是因为我编译的是8.2版的原因?可能最新的会有bug?

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发表于 Post on 2021-6-28 06:57:14 | 只看该作者 Only view this author
如果是SCF不收敛,尝试各种关键词试图让SCF收敛就完了
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本帖最后由 萧瑟 于 2021-6-28 19:07 编辑
sobereva 发表于 2021-6-28 06:57
如果是SCF不收敛,尝试各种关键词试图让SCF收敛就完了

刚刚用make -j ARCH=local VERSION="psmp" test 测试了一下  结果是编译失败了    ,所以跑起来才会老是出错吧。老师  我是按照您的那篇博文安装的  是哪里出了问题呢?


QQ图片20210628190325.png (77.94 KB, 下载次数 Times of downloads: 39)

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发表于 Post on 2021-6-28 22:52:36 | 只看该作者 Only view this author
萧瑟 发表于 2021-6-28 09:20
刚刚用make -j ARCH=local VERSION="psmp" test 测试了一下  结果是编译失败了    ,所以跑起来才会老是 ...

你拿官网上预编译的ssmp跑跑试试,先弄清楚到底是不是本身输入文件导致的必然原因
并且用你相同的计算设置跑其它体系,检验是否是编译导致的必然原因
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-29 10:17:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-6-28 22:52
你拿官网上预编译的ssmp跑跑试试,先弄清楚到底是不是本身输入文件导致的必然原因
并且用你相同的计算设 ...

好的  我去排查一下

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-29 10:37:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-6-28 22:52
你拿官网上预编译的ssmp跑跑试试,先弄清楚到底是不是本身输入文件导致的必然原因
并且用你相同的计算设 ...

预编译的ssmp跑官方的结构优化文件就可以  自己编译的ssmp popt 都不行 。
应该是编译出问题了,我用的gcc gfortran 都是7.5的  更新一下在试试

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-29 12:55:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-6-28 22:52
你拿官网上预编译的ssmp跑跑试试,先弄清楚到底是不是本身输入文件导致的必然原因
并且用你相同的计算设 ...

老师  我测试完了   自己重新编译的ssmp 和官网预编译的ssmp一样 都可以正常跑。但是自己体系的inp文件就只能单核运行  这个官网的ssmp和自己编译的ssmp都要一样  而且自己编译的ssmp  test的时候是全部算例都正确的。  但是psmp就还是这样的 算例有一般是无法运行  还有几个算例是错的。 请问这种情况ssmp能编译成功psmp却不能成功这是编译器的问题吗?

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