求助：关于DNA共价结合分子的MD模拟

一岫云

有没有相关教程是DNA与其共价结合的分子的MD模拟的教程，之前用amber的xleap做过非标准残基的动力学模拟，但是共价结合在DNA上的大分子没有做过，尝试用教程试了一下（GROMACS非标准残基教程2：芋螺毒素小肽实例），没有成功生成top文件(可能是我操作的问题)，求教大家有没有操作流程。

PS：这是结构示意图，共价结合的小分子很大（连在A碱基的羟基氧上）。另外我是手动给这些原子命名的（不能重复），所以命名可能也是个问题。

一岫云

这个小分子的三条支链是一样的，如图这样命名ok么，可是保存成PDB之后用文本打开，就变了...比如磷酸基团上的O原子，都变成一样的了