使用rerun计算相互作用,出现错误，求助

libo371324 · 发表于 Post on 2021-7-14 16:41:00

生成tpr文件，出现The cut-off length is longer than half the shortest box vector or longer than the smallest box diagonal element. Increase the box size or decrease rlist.，这样单个分子不加盒子不能跑

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-14 17:40:49

算单分子没要必须加盒子

提示已经说明了，非要用盒子的话把盒子尺寸设大

libo371324 · 发表于 Post on 2021-7-14 18:23:29

sobereva 发表于 2021-7-14 17:40
算单分子没要必须加盒子

提示已经说明了，非要用盒子的话把盒子尺寸设大

我明白这个，我想计算相互作用，对单个分子加个盒子，再用rerun，能行吗

libo371324 · 发表于 Post on 2021-7-14 19:25:02

sobereva 发表于 2021-7-14 17:40
算单分子没要必须加盒子

提示已经说明了，非要用盒子的话把盒子尺寸设大

我想计算的是体系中相同的十个分子之间的相互作用

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-14 22:38:53

libo371324 发表于 2021-7-14 19:25
我想计算的是体系中相同的十个分子之间的相互作用

一次性把问题描述完整，没说清楚的编辑原回帖，不要又发一个回帖

一会儿说“对单个分子加个盒子”，一会儿说“十个分子之间的相互作用”，都不知道你到底要算什么、具体以什么方式计算

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[GROMACS] 使用rerun计算相互作用,出现错误，求助