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[GROMACS] Gromacs计算不同组之间的相互作用各个选项是什么含义

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本帖最后由 yixiansheng 于 2024-7-14 09:34 编辑

我的体系是28个Na离子和28个Li离子,四层GO(氧化石墨烯),施加压力让离子穿过GO通道。
我打算计算离子与GO之间的范德华和静电相互作用。分别设定两个能量组,离子和MOl,其中MOL代表氧化石墨烯。
那我能量组就分别设置Li和MOL,然后gmx energy选项中的LJ(SR):LI-MOL是不是就代表LI离子和氧化石墨烯之间的范德华作用,而Coul(SR):LI-MOL代表LI离子和氧化石墨烯之间的静电作用。

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发表于 Post on 2024-7-13 12:08:02 | 只看该作者 Only view this author
提问时不要用GO这样不常见的缩写,虽然领域内的人可能会意识到指的是氧化石墨烯

a、b指代不明,哪个部分对应哪个索引组说清楚

仔细看
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-7-13 19:45:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-7-13 12:08
提问时不要用GO这样不常见的缩写,虽然领域内的人可能会意识到指的是氧化石墨烯

a、b指代不明,哪个部分 ...

好的,谢谢sob老师,已经修改。比如我要计算Li离子和氧化石墨烯之间的相互作用。那我能量组就分别设置Li和GO,然后gmx energy选项中的LJ(SR):LI-GO是不是就代表LI离子和氧化石墨烯之间的范德华作用,而Coul(SR):LI-GO代表LI离子和氧化石墨烯之间的静电作用,

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发表于 Post on 2024-7-13 21:45:11 | 只看该作者 Only view this author
你的截图里根本没有LJ(SR):LI-GO
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-7-14 09:35:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-7-13 21:45
你的截图里根本没有LJ(SR):LI-GO

不好意思,sob老师,截图截的是CL离子的。目前已经修改,LI代表所有LI离子,MOL代表氧化石墨烯。LJ(SR)LI-MOL是不是就代表LI离子和氧化石墨烯之间的范德华作用,而Coul(SR):LI-MOL代表LI离子和氧化石墨烯之间的静电作用,

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发表于 Post on 2024-7-16 22:54:42 | 只看该作者 Only view this author
yixiansheng 发表于 2024-7-14 09:35
不好意思,sob老师,截图截的是CL离子的。目前已经修改,LI代表所有LI离子,MOL代表氧化石墨烯。LJ(SR)LI ...

如果你用的cutoff方式而非PME等方式算的静电作用,就是
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)的ppt:


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