分子间弱相互作用力分析求助

Ymw2021

大家好，我通过Multiwfn做了两个聚甲氧基二甲醚分子能量分解（方法是通过sob老师提供的两篇教程：“使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索”和“使用Multiwfn做基于分子力场的能量分解分析”）。得到了两个分子之间的Electrostatic、Repulsion和Dispersion能量，并将总能量通过原子着色方式来表现了，如图所示。图中颜色越蓝的原子，对应对总结合能的贡献值越负（起到越显著的吸引作用），越红的原子则起到越显著的互斥作用。偏白色的原子，起到的作用较小。到了理论分析的时候我有点不太懂。为什么氧原子之间的互斥作用会很大，而碳原子之间的吸引作用会很大。望大家指点指点，感谢。

sobereva

Multiwfn能直接给你每一对原子间的静电、色散、交换互斥作用，仔细读数据弄清楚。如果某两个原子间静电相互作用很正，肯定是带电荷相同而且电荷值都不小；如果是交换互斥作用很正，肯定是离得太近。仔细看看Multiwfn给出的具体的相互作用能数据便知

Ymw2021

sobereva 发表于 2021-7-15 18:20
Multiwfn能直接给你每一对原子间的静电、色散、交换互斥作用，仔细读数据弄清楚。如果某两个原子间静电相互 ...

谢谢sob老师的回答，仔细分析了atmint_ele.pqr和atmint_rep.pqr文件，我想我搞明白了其中的缘由了。谢谢老师指点

Ymw2021

sobereva 发表于 2021-7-15 18:20
Multiwfn能直接给你每一对原子间的静电、色散、交换互斥作用，仔细读数据弄清楚。如果某两个原子间静电相互 ...

还有一个问题想请教老师。在分析聚甲氧基二甲醚分子和正癸烷分子之间的分子作用力时。通过Gromacs得到500帧的构象，并通过MOPAC+Gaussian的优化顺序得到最小构象。三次独立计算（gromacs-MOPAC-Gaussian）得到的构象之间的差异较大，且能量分析差距也较大，该如何解决。似乎很难确定甲氧基二甲醚分子和正癸烷分子之间能量最低的构象。

sobereva

Ymw2021 发表于 2021-7-15 19:06
还有一个问题想请教老师。在分析聚甲氧基二甲醚分子和正癸烷分子之间的分子作用力时。通过Gr ...

考虑更多帧

当前体系很柔，构型/构象空间很大，而MOPAC尤其是xtb优化起来非常快，完全可以考虑更多初始结构。原理上，只要考虑的初始构型足够多（采样足够充分），每次最终筛选出来的能量最低构型都会是一样的。

Ymw2021

sobereva 发表于 2021-7-16 15:41
考虑更多帧

当前体系很柔，构型/构象空间很大，而MOPAC尤其是xtb优化起来非常快，完全可以考虑更多初 ...

好的，谢谢sob老师。