如何由cp2k输出的文件绘制态密度曲线和ELF填色图

nusiew · 发表于 Post on 2021-7-20 09:45:41

本帖最后由 nusiew 于 2021-7-20 09:44 编辑

大家上午好！
目前基于cp2k 8.2对熔体结构进行进行AIMD, 在控制文件中设置了波函数、态密度和电子局域化函数输出，得到了wfn文件、DOS文件、PDOS文件和ELF_CUBE文件。目前想要基于这些文件绘制dos、pdos曲线以及ELF填色图。参考电子定域性的图形分析这篇博文的第5部分将wfn文件载入到Multiwfn，回车后出现闪退。请问大家如何基于cp2k的输出文件绘制如下所示的PDOS曲线和ELF填色图？需要哪些输入文件以及参考那些帖子？
感谢大家的解答！

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-21 03:14:12

看此文了解怎么用CP2K产生能给Multiwfn做波函数分析用的molden文件
使用Multiwfn结合CP2K通过NCI和IGM方法图形化考察固体和表面的弱相互作用
http://sobereva.com/588（http://bbs.keinsci.com/thread-21742-1-1.html）
建议把上文的例子，以及下文的CP2K+Multiwfn联用的例子都看看
使用IRI方法图形化考察化学体系中的化学键和弱相互作用
http://sobereva.com/598（http://bbs.keinsci.com/thread-23457-1-1.html）

有了这样的文件，在Multiwfn里可以以常规方式做任何ELF分析，包括绘制曲线图、平面图、等值面图等等

molden文件（用对角化而不要用OT的，否则里面没轨道能级信息）载入Multiwfn后，可以按下文以常规方式计算各类DOS
使用Multiwfn绘制态密度(DOS)图考察电子结构
http://sobereva.com/482（http://bbs.keinsci.com/thread-13242-1-1.html）

如果有不清楚的我再具体跟你说

nusiew · 发表于 Post on 2021-7-21 10:58:27

本帖最后由 nusiew 于 2021-7-21 11:15 编辑

sobereva 发表于 2021-7-21 03:14
看此文了解怎么用CP2K产生能给Multiwfn做波函数分析用的molden文件
使用Multiwfn结合CP2K通过NCI和IGM方法 ...

谢谢sob老师的解答，我将molden文件载入到Multiwfn中，按照博文（http://sobereva.com/482）3.1节步骤绘制出了DOS曲线，但是未能绘制出PDOS曲线。我的inp文件如下，请sob老师帮我看看出现这种问题的原因。由于文件大小限制，将molden文件放在了（https://wws.lanzoui.com/iwUcyro449i）

[url=home.php?mod=space&uid=1993]@SET[/url] SYSNAME CaSiOB
@SET CELL 14.77
&GLOBAL
PRINT_LEVEL LOW
PROJECT_NAME ${SYSNAME}
RUN_TYPE ENERGY
&END GLOBAL
&FORCE_EVAL
METHOD QS
&DFT
BASIS_SET_FILE_NAME BASIS_MOLOPT
POTENTIAL_FILE_NAME GTH_POTENTIALS
&SCF
MAX_SCF 200
EPS_SCF 5.0e-6
SCF_GUESS ATOMIC
&MIXING T
METHOD PULAY_MIXING
ALPHA 0.5
NBUFFER 5
&END MIXING
&DIAGONALIZATION
ALGORITHM STANDARD
&END DIAGONALIZATION
&END SCF
&QS
EPS_DEFAULT 1e-10
&END QS
&MGRID
NGRIDS 4
CUTOFF 600
REL_CUTOFF 40
&END MGRID
&XC
&XC_FUNCTIONAL PBE
&END XC_FUNCTIONAL
DENSITY_CUTOFF 1e-10
GRADIENT_CUTOFF 1e-10
TAU_CUTOFF 1e-10
&VDW_POTENTIAL
POTENTIAL_TYPE PAIR_POTENTIAL
&PAIR_POTENTIAL
R_CUTOFF 9
TYPE DFTD3
PARAMETER_FILE_NAME dftd3.dat
REFERENCE_FUNCTIONAL PBE
LONG_RANGE_CORRECTION T
&END PAIR_POTENTIAL
&END VDW_POTENTIAL
&END XC
&PRINT
&MO_MOLDEN
NDIGITS 8
GTO_KIND SPHERICAL
&END MO_MOLDEN
&END PRINT
&END DFT
&SUBSYS
&TOPOLOGY
COORD_FILE ${SYSNAME}.xyz
COORD_FILE_FORMAT XYZ
CONN_FILE_FORMAT OFF
&END TOPOLOGY
&CELL
ABC ${CELL} ${CELL} ${CELL}
ALPHA_BETA_GAMMA 90.0 90.0 90.0
MULTIPLE_UNIT_CELL 1 1 1
PERIODIC XYZ
&END CELL
&KIND B
BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH
POTENTIAL GTH-PBE-q3
&END KIND
&KIND O
BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH
POTENTIAL GTH-PBE-q6
&END KIND
&KIND Si
BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH
POTENTIAL GTH-PBE-q4
&END KIND
&KIND Ca
BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH
POTENTIAL GTH-PBE-q10
&END KIND
&END SUBSYS
&END FORCE_EVAL

复制代码

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-22 00:50:44

nusiew 发表于 2021-7-21 10:58
谢谢sob老师的解答，我将molden文件载入到Multiwfn中，按照博文（http://sobereva.com/482）3.1节步骤绘 ...

说明在Multiwfn里输入的命令

必须先定义片段才能绘制PDOS

nusiew · 发表于 Post on 2021-7-22 09:21:18

应该不是定义片段的问题，昨天已经定义过片段了，按照教程的（http://sobereva.com/482）步骤不能够绘出PDOS图像，不知道问题出在哪里，谢谢大家！

丁越 · 发表于 Post on 2021-7-29 09:09:29

nusiew 发表于 2021-7-22 09:21
应该不是定义片段的问题，昨天已经定义过片段了，按照教程的（http://sobereva.com/482）步骤不能够绘出PDO ...

&PRINT
&PDOS
NLUMO 100
&END PDOS
&END PRINT
如果在第三行后添加COMPONENTS，就会输出以各个角动量的pdos.最后用官网给的第二个python脚本绘制就行

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-29 10:29:38

nusiew 发表于 2021-7-22 09:21
应该不是定义片段的问题，昨天已经定义过片段了，按照教程的（http://sobereva.com/482）步骤不能够绘出PDO ...

提示都已经写得很明白了要做什么，显然输入格点间距啊，屏幕上都有例子e.g. 0.25

这又不是报错

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