求助半胱氨酸和Li相互作用能的计算

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我想计算下图结构中，在存在F的情况下Li和半胱氨酸（Cys）间的相互作用能，

这是我计算的方法：DEF(Li···Cys)= DE (LiF··· Cys)- DE (F··· Cys)

计算结果：                      2.63=-49.34-（-51.97）

这里得到Li和Cys间的相互作用能为正值，但不清楚问题出在哪，请老师指正。（结构及输入文件如下）

（紫色为Li,蓝色为F)

DE (LiF··· Cys)的输入文件：

# B3LYP/6-311+G(2d,p) counterpoise=2 em=GD3BJ

Title Card Required

0 1 0 1 0 1

N(Fragment=1)     -1.32334900    1.92289900   -0.29859100

H(Fragment=1)     -1.53862800    1.43790400   -1.16684000

C(Fragment=1)     -0.74340100    0.96601300    0.62810100

H(Fragment=1)     -0.60573700    1.46627400    1.59781600

C(Fragment=1)     -1.70221500   -0.20157600    0.87487500

C(Fragment=1)      0.65574100    0.47603000    0.24050300

H(Fragment=1)     -1.34503000   -0.83842900    1.67958800

H(Fragment=1)     -2.67798200    0.20282200    1.14096700

S(Fragment=1)     -1.99810000   -1.24394400   -0.61520400

O(Fragment=1)      1.33103500    1.09944900   -0.59870400

H(Fragment=1)     -0.82483700   -1.90580300   -0.55873200

O(Fragment=1)      1.07086200   -0.58211200    0.85921600

H(Fragment=1)      2.07420400   -0.83509000    0.52655900

H(Fragment=1)     -0.62871100    2.62443700   -0.53381600

F(Fragment=2)      3.24913800   -0.94805700   -0.03466100

Li(Fragment=2)     3.02052800    0.41390000   -0.99505200

DE (F··· Cys)的输入文件：

# B3LYP/6-311+G(2d,p) counterpoise=2 em=GD3BJ

Title Card Required

-1 1 0 1 -1 1

N(Fragment=1)     -1.32334900    1.92289900   -0.29859100

H(Fragment=1)     -1.53862800    1.43790400   -1.16684000

C(Fragment=1)     -0.74340100    0.96601300    0.62810100

H(Fragment=1)     -0.60573700    1.46627400    1.59781600

C(Fragment=1)     -1.70221500   -0.20157600    0.87487500

C(Fragment=1)      0.65574100    0.47603000    0.24050300

H(Fragment=1)     -1.34503000   -0.83842900    1.67958800

H(Fragment=1)     -2.67798200    0.20282200    1.14096700

S(Fragment=1)     -1.99810000   -1.24394400   -0.61520400

O(Fragment=1)      1.33103500    1.09944900   -0.59870400

H(Fragment=1)     -0.82483700   -1.90580300   -0.55873200

O(Fragment=1)      1.07086200   -0.58211200    0.85921600

H(Fragment=1)      2.07420400   -0.83509000    0.52655900

H(Fragment=1)     -0.62871100    2.62443700   -0.53381600

F(Fragment=2)      3.24913800   -0.94805700   -0.03466100

wzkchem5

你应该把Cys和F定义为一个片段，把Li定义为另一个片段
另外如果你研究的是溶液相的作用能，必须加溶剂模型，且第一配位层必须用显式溶剂化

1152711743

wzkchem5 发表于 2021-7-22 14:57
你应该把Cys和F定义为一个片段，把Li定义为另一个片段
另外如果你研究的是溶液相的作用能，必须加溶剂模型 ...

非常感谢老师的回复！
我把Cys和F定义为一个片段，Li定义为另一个片段重新计算了Li和Cys的相互作用能

计算方法：DEF(Li···Cys)= DE (Cys,F··· Li)- DE (F··· Li)

结果仍是正值：         2.38= -180.53 - (-182.91)
我研究的是气相中的作用能，然后依次添加水分子计算Li和Cys的相互作用能变化
计算方法：DEF,H20(Li···Cys)= DE (Cys,F,H20··· Li)- DE (F,H20··· Li)
发现从没有水到三个水，Li和Cys的相互作用能分别是2.38，4.38，-1.54，-7.47，结构如下：请问这是什么原因导致的呢？

wzkchem5

1152711743 发表于 2021-7-22 15:24
非常感谢老师的回复！
我把Cys和F定义为一个片段，Li定义为另一个片段重新计算了Li和Cys的相互作用能
...

因为Cys和F作用，削弱了F的Lewis碱性。你算出来是正的，说明Cys对于Li-F作用的削弱效应，比Cys和Li的作用还要强。你要仔细考虑一下，你要的到底是Cys和Li的直接作用，还是也包括Cys通过F对Li的间接作用

1152711743

wzkchem5 发表于 2021-7-22 22:38
因为Cys和F作用，削弱了F的Lewis碱性。你算出来是正的，说明Cys对于Li-F作用的削弱效应，比Cys和Li的作用 ...

再次感谢老师耐心的回复！
我除了计算Cys和LiF的体系也计算了Cys和Li+的体系，来对比着分析F的影响。
所以想把Cys通过F对Li的间接作用也考虑上。

wzkchem5

1152711743 发表于 2021-7-22 16:35
再次感谢老师耐心的回复！
我除了计算Cys和LiF的体系也计算了Cys和Li+的体系，来对比着分析F的影响。
...

那作用能为正就不奇怪了