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[CP2K] CP2K输出的静电势问题

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       手册上的V_HARTREE_CUBE里面这句话是什么意思?“Note that by convention the potential has opposite sign than the expected physical one.”
计算得到的静电势的图是这样的。这和以往得到的静电势不太一样。为什么没有正负值不同的区域呢?对cp2k了解不深,不明白这张图能能得到什么信息。

1.png (148.34 KB, 下载次数 Times of downloads: 71)

V_HARTREE_CUBE

V_HARTREE_CUBE

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发表于 Post on 2017-4-2 01:31:24 | 只看该作者 Only view this author
静电势正值区域的数量级范围往往显著大于负值区域的数量级范围。在显示静电势等值面图的时候,如果isovalue不恰当设置,而且没有让程序同时输出两种符号的话,会看不到负值区域。
在此之前应该先看一下cube文件的最负的数值是多少,载入Multiwfn的时候屏幕上会立刻提示负值区域的加和(不过是否兼容CP2K的cube文件没测试过)
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-2 08:16:58 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 panger 于 2017-4-2 08:19 编辑
sobereva 发表于 2017-4-2 01:31
静电势正值区域的数量级范围往往显著大于负值区域的数量级范围。在显示静电势等值面图的时候,如果isovalue ...

谢谢sob老师,Multiwfn能读cp2k的cube。您说的是这个吧?我该怎么设置,负值区域才能显示呢?还是本身结果就有问题?实在是迷糊了。

无标题.png (31.53 KB, 下载次数 Times of downloads: 66)

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发表于 Post on 2017-4-2 08:28:52 | 只看该作者 Only view this author
panger 发表于 2017-4-2 08:16
谢谢sob老师,Multiwfn能读cp2k的cube。您说的是这个吧?我该怎么设置,负值区域才能显示呢?还是本身结 ...

你可以压缩一下传到网盘上,我下载看看。如果压缩后小于3MB传论坛里也行
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-2 08:53:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-4-2 08:28
你可以压缩一下传到网盘上,我下载看看。如果压缩后小于3MB传论坛里也行

我给您sina的邮箱发了邮件可以吗?您受累看看。

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发表于 Post on 2017-4-2 08:55:11 | 只看该作者 Only view this author
panger 发表于 2017-4-2 08:53
我给您sina的邮箱发了邮件可以吗?您受累看看。

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发表于 Post on 2017-4-2 16:11:58 | 只看该作者 Only view this author
你的格点文件没问题,是你显示设置问题。这里用VMD读入,分别建立正值和负值的显示方式,等值面数值分别为0.2(红色)和-0.2(青色)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-2 18:21:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-4-2 16:11
你的格点文件没问题,是你显示设置问题。这里用VMD读入,分别建立正值和负值的显示方式,等值面数值分别为0 ...

太感谢您了,不过我做出和您一样的图等值面的数值选的是0.3和-0.1才能出现您这个效果?是我的软件版本有问题吗?我用VMD和VESTA做出来的等值面都是这个数值才能出您这样的效果。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-2 18:27:37 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 panger 于 2017-4-3 00:56 编辑
sobereva 发表于 2017-4-2 16:11
你的格点文件没问题,是你显示设置问题。这里用VMD读入,分别建立正值和负值的显示方式,等值面数值分别为0 ...

另外还想请教您两个问题。文献中说功函计算是使用真空层中的静电势(选取真空层中部)减去材料的费米能级,这个真空层中部的静电势能拿到吗?从cube文件。我用Multiwfn手册4.13.6里面的方法绘制的local integral curve纵坐标好大,这种图有没有意义呢?

DISLIN.PNG (23 KB, 下载次数 Times of downloads: 63)

DISLIN.PNG

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-3 01:01:30 | 只看该作者 Only view this author
跟这张图是不是有相似的意思呢?

无标题1.png (72.57 KB, 下载次数 Times of downloads: 70)

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发表于 Post on 2017-4-3 01:18:12 | 只看该作者 Only view this author
panger 发表于 2017-4-2 18:21
太感谢您了,不过我做出和您一样的图等值面的数值选的是0.3和-0.1才能出现您这个效果?是我的软件版本有 ...

能显示出来就行,也许是我记错了
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panger 发表于 2017-4-2 18:27
另外还想请教您两个问题。文献中说功函计算是使用真空层中的静电势(选取真空层中部)减去材料的费米能级 ...


当前的cube文件的三个平移矢量不是恰好是在x,y,z方向,即格点不是立方的,这种情况cube文件虽然能载入Multiwfn,但是数值不正常。

功函数这些固体物理相关的概念还是问开卡发发吧。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-3 01:22:45 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 panger 于 2017-4-3 01:25 编辑
sobereva 发表于 2017-4-3 01:19
当前的cube文件的三个平移矢量不是恰好是在x,y,z方向,即格点不是立方的,这种情况cube文件虽然能载入M ...

谢谢您。太感谢了。您的意思是说,这种非立方的格点,还不能用Multiwfn分析?

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发表于 Post on 2017-4-3 01:37:57 | 只看该作者 Only view this author
panger 发表于 2017-4-3 01:22
谢谢您。太感谢了。您的意思是说,这种非立方的格点,还不能用Multiwfn分析?

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本帖最后由 panger 于 2017-4-3 01:47 编辑
sobereva 发表于 2017-4-3 01:19
当前的cube文件的三个平移矢量不是恰好是在x,y,z方向,即格点不是立方的,这种情况cube文件虽然能载入M ...

另外,如果对于我这种情况,如果我想用Multiwfn来做,我可不可以在排除周围活性中心(我指金属团簇)影响的情况下,比如我把载体建的比较大。人为的建立一个立方的晶格来算呢?类似于加了个框的团簇模型。这样是否能得到相对合理的结果?

本版积分规则 Credits rule

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