求助：gromacs进行MD后底物位点与实验偏差变大

溪临昭煌

各位老师好，我用autodock进行了酶与底物的对接，但部分底物的位置不符合与晶体对比的结果，因此用CHARMM36力场进行了底物和酶的复合物的MD，希望修正那些与晶体结果不一致的部分，但是发现随着MD的进行，底物离原本的位置越来越远，更加不符合晶体的结果，请问该怎么解决这种问题呢，还是说对接的优化不能用MD解决？

k64_cc

你都有晶体结果了，为什么要从对接结果开始搞。

溪临昭煌

k64_cc 发表于 2021-8-5 00:34
你都有晶体结果了，为什么要从对接结果开始搞。

我的共晶晶体结果是属于同一种但是是另外一个酶，这类酶的某一个位点的位置应该是十分保守的，所以想拿比对结果判断MD的可信度

Tonycjlu

溪临昭煌 发表于 2021-8-5 09:47
我的共晶晶体结果是属于同一种但是是另外一个酶，这类酶的某一个位点的位置应该是十分保守的，所以想拿比 ...

是不是采样和MD的时间尺度过小？

Tonycjlu

溪临昭煌 发表于 2021-8-5 09:47
我的共晶晶体结果是属于同一种但是是另外一个酶，这类酶的某一个位点的位置应该是十分保守的，所以想拿比 ...

我的理解是：MD具有随机和动态的特征，所以底物和某个氨基酸残基的作用需要统计，不能仅仅看莫一帧。如H键的键长，肯定是一个统计的结果，如10000个frame的平均值和标准差！ 仅仅是我个人的理解，不一定正确。

溪临昭煌

Tonycjlu 发表于 2021-8-5 10:52
是不是采样和MD的时间尺度过小？

谢谢老师，我跑了1ns，用了418K的温度试图短时间内获得尽可能多的构象，而且从50ps开始底物的构象已经收敛了，但是相对于初始状态偏差还是变大了

溪临昭煌

Tonycjlu 发表于 2021-8-5 10:55
我的理解是：MD具有随机和动态的特征，所以底物和某个氨基酸残基的作用需要统计，不能仅仅看莫一帧。如H ...

谢谢老师，但是我的构象后期基本收敛（在一个地方小规模移动），但是位置偏差还是很大，取平均也和晶体对照结果差很多

k64_cc

溪临昭煌 发表于 2021-8-5 09:47
我的共晶晶体结果是属于同一种但是是另外一个酶，这类酶的某一个位点的位置应该是十分保守的，所以想拿比 ...

除非两个口袋长得完全一样，不然结构有偏差不是挺正常的吗。看看结合模式是不是相似的就可以了。
418K下蛋白都变性了，而且1 ns连平衡都做不到。100 ns，请。

溪临昭煌

k64_cc 发表于 2021-8-5 17:51
除非两个口袋长得完全一样，不然结构有偏差不是挺正常的吗。看看结合模式是不是相似的就可以了。
418K下 ...

谢谢老师，我在模拟的时候用的md方法是限制蛋白运动，只允许底物自由移动。
但是根据晶体结果来看，只要是这种酶，它们align以后的底物的某一部分就会高度重合
从100ps开始底物的位置已经变化幅度很小了也需要跑很长时间吗，没有这么多资源

k64_cc

溪临昭煌 发表于 2021-8-5 22:16
谢谢老师，我在模拟的时候用的md方法是限制蛋白运动，只允许底物自由移动。
但是根据晶体结果来看，只要 ...

你先把底物和蛋白的结合模式参照已有晶体结构的结合模式调好，再跑MD。有晶体参照就不要用docking结果了，docking不能确保你得到的一定是最优解

溪临昭煌

k64_cc 发表于 2021-8-6 10:55
你先把底物和蛋白的结合模式参照已有晶体结构的结合模式调好，再跑MD。有晶体参照就不要用docking结果了 ...

好的。谢谢老师，我试一下