计算自由能的点时出现 Not enough memory 如何解决？

yee · 发表于 Post on 2022-3-11 17:14:58

老师好，大家好。

我在计算一个R32分子进入DMAC液体中的自由能时，在最后的MD一步出现 Not enough memory 的错误提示，我尝试过将DMAC的分子数从300减少到100，但还是未能解决。请问该如何解决这类问题？

附件是我的坐标文件和mdp文件。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-3-11 17:43:47

这个明显是程序把需要使用的内存数目计算错了（那一长串数字188……，实际计算肯定永远用不到那么多内存），而不是真正的内存不足。
至于为什么程序会把需要使用的内存数目计算错，建议先自己看报错信息底下那个链接，如果解决不了再来问

snljty · 发表于 Post on 2022-3-11 19:25:28

wzkchem5 发表于 2022-3-11 17:43
这个明显是程序把需要使用的内存数目计算错了（那一长串数字188……，实际计算肯定永远用不到那么多内存） ...

这个数接近2^64，应该是8字节无符号整数出现负数溢出了吧，不知道怎么出来负数的。

yee · 发表于 Post on 2022-3-11 19:46:13

snljty 发表于 2022-3-11 19:25
这个数接近2^64，应该是8字节无符号整数出现负数溢出了吧，不知道怎么出来负数的。

我看了npt之后的gro文件。变得太大了，可能是这个原因导致后面md进行不了。但是按理来说这个温度压力下的盒子不会这么大的，不知道怎么回事

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-3-11 19:49:09

snljty 发表于 2022-3-11 12:25
这个数接近2^64，应该是8字节无符号整数出现负数溢出了吧，不知道怎么出来负数的。

对，我觉得或多或少应该算是程序bug吧，即使是因为输入文件错误导致这个情况，程序也应该在分配内存之前把这个case给catch到，提前报错退出

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