求助MS建模聚合物，lammps拉伸模拟的四个问题

shiyuyang · 发表于 Post on 2024-12-14 10:28:45

大家好，我是个模拟新手，想请教大家四个问题。我用MS建了个只有CHO的聚合物，生成了40个单体组成的cell，用Lammps去拉伸想看断键情况，附ovito可视化图。有以下四个问题请教：
1.想看其中一条链的断键情况，请问什么做到呀？

2.原始建模图是这样

，在Lammps里设置了盒子是周期性把聚合物框起来了，导致盒子边界看起来都是游离态，请问在拉伸过程中还能显示全一个cell吗？若不能，想显示一个cell就在in文件里不设为周期性吗？

3.想给聚合物create bonds

,使用Pair-wise cutoffs找每一种type之间的键长手动输入对吗？

4.拉伸使用的deform，压缩在应变速率前加个“-”为什么不行呢？

sobereva · 发表于 Post on 2024-12-15 01:27:41

不要自己在标题里手写【求助】这种标签，http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给你改了，以后注意

shiyuyang · 发表于 Post on 2024-12-15 11:59:38

sobereva 发表于 2024-12-15 01:27
不要自己在标题里手写【求助】这种标签，http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给 ...

谢谢知道了

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