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[GROMACS] 求助一个体系是否可以用三种力场

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在混用立场中有两个问题想请教:
1、在我的一个模拟体系中,用charmm-gui建立了石墨烯的拓扑文件,是charmm力场;用gmx_mpi pdb2gmx生成了DNA拓扑文件,用的amber力场;用ATB生成了一种含硅的小分子的拓扑文件,是gromos力场;然后经过一些修改把他们三个合到了一个top中,如图,能够运行且没有报错,不知道这样的做法能合理的反应体系的相互作用吗?

2、在gmx_mpi grompp的过程中,出现warning,意思是有元素的力场已经在前面力场中定义,如图,这种warning是不是直接忽略就可以?

谢谢~~~~

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发表于 Post on 2021-7-21 17:43:37 | 只看该作者 Only view this author
不可以在同一个模拟中用三个力场。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-21 19:20:37 | 只看该作者 Only view this author
xiaowu759 发表于 2021-7-21 17:43
不可以在同一个模拟中用三个力场。

主要是体系中的三种物质用一种力场不太好描述,有的物质中残基在别的力场里没有,用三种立场比较好描述,这样用是非常不合理的吗?

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发表于 Post on 2021-7-22 02:20:41 | 只看该作者 Only view this author
这仨根本就不可能混用,而且根本就没有混用的必要性

对于石墨烯,可以gmx x2top产生基于AMBER原子类型的石墨烯的拓扑文件(碳对应芳环上的碳的原子类型),DNA用pdb2gmx产生拓扑文件,小分子用acpype(见下文)产生GAFF的拓扑文件,就完事了。GAFF和AMBER完全兼容

几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
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发表于 Post on 2021-7-22 08:24:19 | 只看该作者 Only view this author
LAMMPS 好像可以這樣做...

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发表于 Post on 2021-7-22 10:36:29 | 只看该作者 Only view this author
c00jsw00 发表于 2021-7-22 08:24
LAMMPS 好像可以這樣做...

不是会不会报错的问题,是原理上参数不兼容吧

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-22 11:35:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-7-22 02:20
这仨根本就不可能混用,而且根本就没有混用的必要性

对于石墨烯,可以gmx x2top产生基于AMBER原子类型的 ...

谢谢sob老师。有下面两个问题想请教:
1、我的小分子含有Si元素,如图,而acpype只能生成有机小分子的拓扑(只能含C, N, O, S, P, H, F, Cl, Br and I;),我之前参考你说的这个网站只有用ATB才可以成功生成拓扑(gromos力场 ),有工具能生成含Si的小分子的amber拓扑吗?
2、我用三种力场混用,跑动力学并没有报错,并且顺利跑完了200ns,这种情况下的结果有什么内在机制的不合理吗?为什么必须用一种力场计算才合理?

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发表于 Post on 2021-7-23 03:26:37 | 只看该作者 Only view this author
landian666 发表于 2021-7-22 11:35
谢谢sob老师。有下面两个问题想请教:
1、我的小分子含有Si元素,如图,而acpype只能生成有机小分子的拓 ...

不同力场弄LJ参数、原子电荷的具体做法、思想截然不同,非键作用方面不声明兼容性的力场之间都没法混用,否则就算结果看起来没问题也会遭审稿人质疑。绝对不要以为不报错就万事大吉了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-23 09:18:38 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-7-23 03:26
不同力场弄LJ参数、原子电荷的具体做法、思想截然不同,非键作用方面不声明兼容性的力场之间都没法混用, ...

谢谢sob老师,这种含有硅的小分子可以生成amber力场吗?我试了acpype没有成功

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发表于 Post on 2021-7-23 23:32:45 | 只看该作者 Only view this author
landian666 发表于 2021-7-23 09:18
谢谢sob老师,这种含有硅的小分子可以生成amber力场吗?我试了acpype没有成功

不可以
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-24 10:21:29 | 只看该作者 Only view this author

那这种包含有si的小分子、石墨烯和DNA的体系,石墨烯和DNA按您说的方法生成力场,含si的小分子力场怎么处理比较好?

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发表于 Post on 2021-7-24 11:26:02 | 只看该作者 Only view this author
landian666 发表于 2021-7-24 10:21
那这种包含有si的小分子、石墨烯和DNA的体系,石墨烯和DNA按您说的方法生成力场,含si的小分子力场怎么处 ...

gaff不支持硅那也没办法,除非你找到文献中的参数把它加进去,如果没有的话就只能自己拟合了。
x2top可以生成基于GROMOS和OPLS-AA的石墨烯拓扑文件,ATB和ligpargen分别可以生成这俩力场的含硅小分子拓扑文件,你可以全部都用GROMOS或全部都用OPLS-AA,反正别混着用就行了。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-26 21:20:49 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 landian666 于 2021-7-26 21:22 编辑
naoki 发表于 2021-7-24 11:26
gaff不支持硅那也没办法,除非你找到文献中的参数把它加进去,如果没有的话就只能自己拟合了。
x2top可 ...

谢谢,主要我的体系里还有DNA,GROMOS对它的支持是不是不太好?

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发表于 Post on 2021-8-12 05:09:45 | 只看该作者 Only view this author
landian666 发表于 2021-7-26 21:20
谢谢,主要我的体系里还有DNA,GROMOS对它的支持是不是不太好?

GROMOS力场不适合核酸
就用AMBER系力场就完了,硅的相关参数搜文献补进去
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