IRC问题求助

dy19930508 · 发表于 Post on 2015-11-20 08:57:21

大家好，我在做C+CO2=CO+O时，得到过渡态，然后做IRC，得到的IRC图线是对称的，并且指向的反应物和生成物是一样的，这是怎么回事呢？
这是我的输入文件：
opt=(calcfc,ts,cartesian,maxcycle=200,noeigen) freq b3lyp/6-31g(d)
guess=core geom=connectivity int=ultrafine scf=noincfock

这是得到的IRC
irc=(maxpoints=100,rcfc,stepsize=5) rb3lyp/6-31g(d) guess=huckel
int=ultrafine scf=(noincfock,maxcycle=200)

以下两幅图分别是指向反应物和生成物的。

sobereva · 发表于 Post on 2015-11-20 09:17:38

C+CO2=CO+O肯定不对啊，原子数都不一样。

最好直接把IRC输出文件压缩下传上来。
光从你的图上看，很可能是过渡态没找对，不是反应过渡态，而是CO二聚体构型变化的过渡态。

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2015-11-20 14:09:50

0.25 hartree，150 kCal/mol，这反应废了(-_-)以及C真的是C原子么

dy19930508 · 发表于 Post on 2015-11-20 17:56:04

sobereva 发表于 2015-11-20 09:17
C+CO2=CO+O肯定不对啊，原子数都不一样。

最好直接把IRC输出文件压缩下传上来。

谢谢sobereva老师，我的生成物写错了，应该是两个CO。附件是我做IRC得到的log文件，麻烦老师帮我看一下，谢谢您。
sobereva老师，我在做O+NO=NO2反应，找到一个过渡态后，做IRC，也是出现和上面一样的问题，IRC指向的反应物和生成物是一样的，附件里有我做IRC时得到的log文件。谢谢老师!

dy19930508 · 发表于 Post on 2015-11-20 17:57:28

liyuanhe211 发表于 2015-11-20 14:09
0.25 hartree，150 kCal/mol，这反应废了(-_-)以及C真的是C原子么

是C原子，是不是我的过渡态找错了。

sobereva · 发表于 Post on 2015-11-21 02:40:29

dy19930508 发表于 2015-11-20 17:56
谢谢sobereva老师，我的生成物写错了，应该是两个CO。附件是我做IRC得到的log文件，麻烦老师帮我看一下， ...

你找到的都是过渡态，这种IRC也是合理的，但是并不对应于你说的化学反应的过渡态。
这两个反应是否有过渡态还不好说，像O+NO这个，你对打来的O和N之间做一下距离的柔性扫描，就很容易判断了。

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2015-11-21 04:11:12

dy19930508 发表于 2015-11-20 17:57
是C原子，是不是我的过渡态找错了。

C 2s2, 2p2原子是个双自由基，这么搞多重度好像不大和谐

dy19930508 · 发表于 Post on 2015-11-21 08:37:15

sobereva 发表于 2015-11-21 02:40
你找到的都是过渡态，这种IRC也是合理的，但是并不对应于你说的化学反应的过渡态。
这两个反应是否有过 ...

恩，我做一下柔性扫描，十分感谢sobereva老师！

dy19930508 · 发表于 Post on 2015-11-21 08:38:39

liyuanhe211 发表于 2015-11-21 04:11
C 2s2, 2p2原子是个双自由基，这么搞多重度好像不大和谐

嗯，谢谢您的指点，十分感谢！

dy19930508 · 发表于 Post on 2015-11-21 19:27:14

sobereva 发表于 2015-11-21 02:40
你找到的都是过渡态，这种IRC也是合理的，但是并不对应于你说的化学反应的过渡态。
这两个反应是否有过 ...

sobereva老师，我做了已经优化过的NO2其中一个N-O键的距离柔性扫描，得到一个抛物线型的曲线，这样是不是表示没有过渡态？还是需要对键角也做一个柔性扫描呢？附件是我的输入文件和做IRC得到的log文件，希望老师能指点我一下。非常感谢老师！

sobereva · 发表于 Post on 2015-11-21 21:25:41

dy19930508 发表于 2015-11-21 19:27
sobereva老师，我做了已经优化过的NO2其中一个N-O键的距离柔性扫描，得到一个抛物线型的曲线，这样是不是 ...

这就是说明没过渡态
键角没必要扫了，因为你柔性扫描键长的时候键角已经自动优化到最佳了。

dy19930508 · 发表于 Post on 2015-11-21 22:51:33

sobereva 发表于 2015-11-21 21:25
这就是说明没过渡态
键角没必要扫了，因为你柔性扫描键长的时候键角已经自动优化到最佳了。

十分感谢老师的指导！

alan · 发表于 Post on 2015-12-29 15:32:20

dy19930508 发表于 2015-11-21 19:27
sobereva老师，我做了已经优化过的NO2其中一个N-O键的距离柔性扫描，得到一个抛物线型的曲线，这样是不是 ...

请问你这个柔性扫描得出的结果，是怎么判断没有过渡态的呢？

root · 发表于 Post on 2015-12-29 21:44:33

alan 发表于 2015-12-29 15:32
请问你这个柔性扫描得出的结果，是怎么判断没有过渡态的呢？

从NO+O’出发，随着N与O’距离靠近，势能一路下降就能到达NO2的势阱里，
也就是说，反应路径上不会出现垒，当然也就不存在过渡态了

再比如H2O、NH3分子解离掉一个H原子，也没有过渡态，类似的例子很多很多

root · 发表于 Post on 2015-12-29 21:53:45

alan 发表于 2015-12-29 15:32
请问你这个柔性扫描得出的结果，是怎么判断没有过渡态的呢？

有一个很有意思的例子是O(1D)+CH4，它有四个无过渡态的反应通道和4个有过渡态通道，感兴趣的话可以去看看，http://dx.doi.org/10.1039/C5CP04278J

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