求助蛋白质pka预测结果与序列计算结果差别较大

whitemouse

我用蛋白质序列在expasy计算得到的理论等电点是8.63，然后用swiss-model找了一个序列一致性86%，相似性56%的模板建了模。之后用这个模型文件在H++上预测pKa，发现在pH8.63的位置仍带大约16个电荷且它告诉我理论等电点为9.66。根据实验结果，这个蛋白质的等电点应该是位于8.6-8.9之间。本人刚接触蛋白质模拟，求问这个结果差异源于哪里呢？应该怎么样正确预测pKa呢？