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[GROMACS] 求助:能量最小化的时候配体断裂

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各位老师好,我在使用了官方教程中给到的.mdp文件进行能量最小化的时候发现配体相连的键都消失了,甚至受体也分裂出去一块,重复后配体仍是相同情况,请问这可能是哪步出现了问题?
我的配体拓扑是使用multiwfn生成输入文件到ORCA中计算RESP电荷,并使用sobtop输出的,受体使用了修改后的 GROMOS 56A6CARBO_R立场,步骤是根据官方教程来的,因为没有使用官方的方法生成拓扑,因此在topol.top中仅在moleculetype前include了配体的itp文件,并非在posre.itp后include。

断键.png (66.72 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

断键.png

topol.top

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LPC18_2.itp

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-20 17:12:25 | 只看该作者 Only view this author
补充下,在添加溶剂以及添加离子过程中gromacs均有一次warning,但我都-maxwarn忽略了,可能是因为立场文件本身受到修改导致的

warning during add ions.png (30.31 KB, 下载次数 Times of downloads: 9)

warning during add ions.png

warning during add solv.png (28.97 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

warning during add solv.png

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发表于 Post on 2023-3-20 21:11:15 | 只看该作者 Only view this author
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充,应直接编辑原帖,不要通过回帖进行补充,这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

发完帖子好好检查,1L里黑色底色严重影响阅读。发现有问题及时编辑原贴
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发表于 Post on 2023-8-26 17:27:18 | 只看该作者 Only view this author
检查拓扑文件里原子顺序和结构文件里的是否一样,如果不一样需要手动调整

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