从无定型Cell中抠出分子团簇结构求助

pepper

背景：本人看了社长的《基于分子晶体cif文件抠出分子团簇结构 》后，拟从自己构建的小分子无定形Cell（60*60*60）中，提取团簇结构。
问题：发现提取的团簇结构的 center fragment 并不是Cell笛卡尔坐标下，30*30*30位置附近的分子，即 中心分子不是原来Cell 几何中心的分子；反而像Fractional坐标下，30*30*30 附近的中心分子，即 提取的团簇在原始Cell的边缘位置；（VMD TK中显示的中心（x,y,z）为30*30*30）看起来不存在错误，不知为何会如此，希望大佬指点迷津。
注：实际坐标不为整数，此处为仅为示意；

sobereva

没有结构具体文件没法判断原因。可以根据脚本内容结合tcl和VMD的基本知识先弄清楚脚本的运作机理，再结合实际情况调试找原因
反正不影响你达到实际目的就行了，没必要较真