如何计算蛋白某几个残基chi1,chi2的角度

azero · 发表于 Post on 2021-8-21 22:54:44

打算计算蛋白某几个残基chi1,chi2的角度随时间变化的图，但看了看manual，似乎gmx chi做不了
求如何正确计算的方法

sobereva · 发表于 Post on 2021-8-22 01:51:16

怎么不能做
gmx chi computes phi, psi, omega, and chi dihedrals for all your amino acid
backbone and sidechains. It can compute dihedral angle as a function of time,
and as histogram distributions. The distributions
(histo-(dihedral)(RESIDUE).xvg) are cumulative over all residues of each type.

azero · 发表于 Post on 2021-8-22 09:32:59

sobereva 发表于 2021-8-22 01:51
怎么不能做
gmx chi computes phi, psi, omega, and chi dihedrals for all your amino acid
backbone an ...

换了旧版本试出了，GMX2020有bug =o=

azero · 发表于 Post on 2021-8-22 16:36:42

本帖最后由 azero 于 2021-8-22 16:45 编辑

sobereva 发表于 2021-8-22 01:51
怎么不能做
gmx chi computes phi, psi, omega, and chi dihedrals for all your amino acid
backbone an ...

SOB老师，很奇怪，HID（PDB直接改成HID后GMX自动加氢）居然有chi1,chi2,chi3,正常来说组氨酸不就chi1和chi2么

我的命令是这样的
gmx chi -f MD_nojump_protein.xtc -s MD_nojump_protein.gro -maxchi 6 -all

sobereva · 发表于 Post on 2021-8-23 05:02:47

直接用VMD提取你要的二面角随时间变化就完了

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[综合交流] 如何计算蛋白某几个残基chi1,chi2的角度