关于GROMACS和VMD计算sasa差异的问题

xuxu · 发表于 Post on 2022-2-19 08:58:27

请问下大家，gromacs计算sasa和vmd计算的差别在哪，为什么我用gromacs的-output和vmd的-restrict计算总表面积中特定的氨基酸面积算出来的结果差别很大呢？下面是我的命令
gromacs：  gmx sasa -f .xtc -s .pdb -q -surface "system" -output "resname GLY"
vmd : set allatom [atomselect top "all"]
      set gly [atomselect top "GLY"]
      measure sasa 1.4 $allatom -restrict $gly
希望各位能指点一下，不胜感激！

sobereva · 发表于 Post on 2022-2-19 12:47:47

你先看算出来的整个蛋白质的面积相差多少。另外，不同程序划分局部区域用的规则多多少少有所不同。你都不给出具体结果谁也没法说

xuxu · 发表于 Post on 2022-2-19 13:45:52

我用gromacs算出来的结果要比vmd小一半呢，gromacs在40nm^2,vmd 78nm^2

sobereva · 发表于 Post on 2022-2-19 13:59:19

measure sasa接上-samples [点数]，把点数增加，看结果收敛情况，确认采样点数足够多。如果确认不是采样精度问题，说明用法不对。先把整个蛋白质的SASA对上再说某个残基的

xuxu · 发表于 Post on 2022-2-19 14:17:22

sob老师，我想请教下gromacs和vmd可以计算自己定义的有机分子的sasa吗，还是只能计算氨基酸的sasa？还有，用vmd可以看到类似于gromacs 中-q得到的pdb文件吗

sobereva · 发表于 Post on 2022-2-25 22:47:28

xuxu 发表于 2022-2-19 14:17
sob老师，我想请教下gromacs和vmd可以计算自己定义的有机分子的sasa吗，还是只能计算氨基酸的sasa？还有， ...

可以
此文也说了
使用Multiwfn和VMD计算分子表面积和片段表面积
http://sobereva.com/487（http://bbs.keinsci.com/thread-13392-1-1.html）

第二问语义不明

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