求助GMX如何实现在表面逐个沉积分子

Limk · 发表于 Post on 2020-10-15 21:22:35

各位老师好，我看到一篇文献通过GROMACS来模拟材料的沉积，文中写道“The vapor-phase deposition process of C60 was imitated via landing one C60 every 100 ps on a DTDCTB surface”，想请教一下大家这种动态的每100ps在表面沉积一个分子的模拟过程具体应该怎么实现？（文章写到所有的MD过程都是通过GROMACS程序进行的）

让你变成回忆 · 发表于 Post on 2020-10-15 21:49:13

自己写程序实现的。
通过写程序产生每一次沉积的初始结构（准备好每次所需要的gro、top、mdp文件），然后再用GMX跑MD

Limk · 发表于 Post on 2020-10-16 08:53:18

让你变成回忆发表于 2020-10-15 21:49
自己写程序实现的。
通过写程序产生每一次沉积的初始结构（准备好每次所需要的gro、top、mdp文件），然后 ...

感谢您的回复，请问自己学习写这方面的程序应该如何入手，很少看到有类似的MD模拟讨论，非常感谢

wolfli369 · 发表于 Post on 2020-10-16 10:00:24

请问有没有相关的更加具体的实例

让你变成回忆 · 发表于 Post on 2020-10-16 11:14:26

Limk 发表于 2020-10-16 08:53
感谢您的回复，请问自己学习写这方面的程序应该如何入手，很少看到有类似的MD模拟讨论，非常感谢

程序这方面只能你自己琢磨了，shell+GMX的内置命令很容易实现的。

现在关于这方面的MD模拟的东西实际上还是挺多的了，都是通过模拟这种所谓的非平衡过程去仿真实验的加工条件。Alan E. Mark (The University of Queensland，通讯作者)近几年用该方法做了许多研究有机半导体的工作，你可以去看看。

飒飒萨达 · 发表于 Post on 2021-8-24 15:20:55

请问您解决了嘛，我也在看这篇文章，现在还是不知道怎么具体操作的

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[GROMACS] 求助GMX如何实现在表面逐个沉积分子