求助：如何在x，y方向上限制几个原子的质心

1900 · 发表于 Post on 2021-8-27 16:32:34

我想要在z方向对分子一端的几个原子进行拉伸模拟，但是不希望这些原子在xy平面上平移太多。所以想只在xy平面上限制一下这几个原子的质心。

园园乖 · 发表于 Post on 2021-8-27 22:03:49

可以在mdp文件中加入define=-DPOSRES，然后在itp文件中[ position_restraints ]字段中加入#ifdef POSRES，再在相应的原子后面分别设置限制力，（只xy平面限制的话，1000 1000 0，应该就可以）

1900 · 发表于 Post on 2021-9-1 09:57:34

园园乖发表于 2021-8-27 22:03
可以在mdp文件中加入define=-DPOSRES，然后在itp文件中[ position_restraints ]字段中加入#ifdef POSRES， ...

多谢回复。但是这样只能限制原子位置，无法做到只限制质心。

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