公社群聊Q&A整理：2015.07.10 19 ~ 2015.07.14 18 Concate

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2016-5-9 15:33:49

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2015.07.10 18:22:50
Q:
请教个问题。现在我想用高斯计算Fe3+/Fe2+的电极电势，是不是先算Fe3+在空气中和在溶液中的freq得到吉布斯自由能，然后再算出Fe2+在空气中和在溶液中的freq得到吉布斯自由能，然后分别两者分别相减最后加和得到∆G,最后通过公式∆G=nEF得到E。是这样计算吗
A:
气相计算freq得到气相下的吉布斯自由能，再加上溶解自由能，得到物质在溶液中的自由能。对Fe2+和3+都这么计算，再用∆G=nEF
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2015.07.10 19:00:43
Q:
Sob老师，请教您一个问题。最近我在做UV的图谱，用老师的Multiwfn做出来的紫外图如下图上，第二个地方没有明显的峰。而我用老师教的方法拟合数据，做出来的图，第二个峰较为明显，这个是什么原因导致的呢？而且其他几个计算的，用老师的软件做出来的图线很光滑，而用我老师教我的方法做出的图线就很粗糙。老师能帮我解答一下困惑么?[图片][图片]
A:
把FWHM设小，那里就有峰了。FWHM越大则越平滑，但光谱细节越少。
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2015.07.10 23:19:49
Q:
本人有个困扰了很久的问题，关于金属配合物能量最优的量子化学计算，哪位帮忙看看我这个有关的文件，望指点一下。
[图片] www 发表动态 15:20:00
"分享图片"
[图片] 查看
[图片] www 分享文件 15:20:06
"INPUTE.txt" 下载
[图片] www 分享文件 15:22:01
"UNTITLED-2.LOG" 下载
A:
传的是什么文件，具体有什么问题应描述清楚。
传的文件都是意义不明的。
Q:
输入和输出文件
A:
根本就不是输入文件！
只是两个残缺的输出文件罢了
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2015.07.10 23:35:09
Q:
从没投过文章也写得特别水是纯理论计算不知投什么好大家给点建议谢谢 [图片]
A:
先投物化学报、化学学报，如果都不中再投核心非SCI的。
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2015.07.10 23:36:35
Q:
怎么把高斯的文件转化成multiwfn可以打开的文件啊？
用高斯里面的那个程序转化不了啊
win
回车以后转化的文件跑哪里了啊？
真的没有啊，找不到啊，fch
文件啊
A:
看multiwfn手册第四章开头。.wfn、.wfx、.fch都能被Multiwfn支持。
fch转换：
[图片]
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2015.07.10 23:46:19
Q:
求教;用QST2的方法找过渡态时，输入反应物和产物的坐标时，产物有多种且有两分子的水，对于这种情况是否要输入两分子的水的坐标？由于刚接触反应机理，不太懂这方面，能否有老师或同学截个用QST2搜过渡态的输入文件给我借鉴一下，非常感谢！
A:
产物有水自然输入文件里也得有水。
一般不推荐用QST2，除非用opt=TS很难搞定
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2015.07.11 00:05:57
Q:
嗯，谢谢老师的解答，我记得您上次说电子亲和能EA=E(N)-E(N+1)垂直电离能IP=E(N-1)-E(N).请问这两者都要进行优化在进行相减吗？
A:
看此贴3L
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1423
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2015.07.11 00:10:23
Q:
我用multiwfn 查看分子的轨道总共有288个轨道呢怎么哪个是π轨道啊
A:
看轨道图形
Q:
好的谢谢老师我已经转化成功了也用那个multiwfn打开了
共有288个轨道呢怎么哪个是π轨道啊
A:
用主功能0挨个看轨道图形啊
如果不知道什么叫pi，先看结构化学书
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2015.07.11 00:12:25
Q:
哦，好的，在multiwfn 页面上怎么旋转分子啊啊
[图片]
A:
这里都写着
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269
Q:
老师我转化成拉曼强度后，活性图上很多峰都消失不见了，怎么回事啊？
[图片]
A:
和你输入的频率有关系，参见手册3.13.1节的公式。
如果转换前和实验的更符合，那就别转换成强度
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2015.07.11 00:17:12
Q:
老师，我计算二维的PBC时SCF未能收敛，请问有什么办法吗？我是计算单点
A:
还是按SCF不收敛那个帖子里的套路处理，虽然有些不适合PBC。试试就知道了
Q:
水平是pbepbe/sto-3g
很小了
A:
不一定基组小就一定能收敛
Q:
我尝试了单独的int=ultrafine和单独的scf=qc
没有收敛
A:
和结构、体系也有很大关系。
诡异的体系、邪门的结构，容易不收敛
Q:
高斯对于这种周期性的东西处理的很烂
A:
显然
Q:
[Emoticon]也不知道别人已经用VASP已经算好的东西让我用高斯在算有什么意义
[Emoticon]
A:
meaningless
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2015.07.11 00:33:17
Q:
为什么是最后一天?今天截止报名了?
A:
报名截止到下月初
Q:
Sob
我通过支付宝转账给你，备注也要说明清楚吧？
Sob 已经转好，请查收
A:
请发邮件给keinsci@sina.com说明已汇款，然后会把培训详细信息回复给你
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2015.07.11 01:33:58
Q:
[Emoticon]
[图片]
[图片]@我本是个娃娃
[Emoticon]
[Emoticon]
A:
发这些图请到副群
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2015.07.11 01:39:35
Q:
amber的坐标文件.inpcrd中有每行有2个x,y,z??这个(X(i), Y(i), Z(i), i = 1,NATOM)这个i是横着数增加，还是竖着数增加
A:
X(1), Y(1), Z(1), X(2), Y(2), Z(2)
X(3), Y(3), Z(3), X(4), Y(4), Z(4)
...
Q:
thanks，还有一个问题，我发现amber在做参数的时候，比如我蛋白N端缺少23个氨基酸，如果在vmd里面显示第一个残基序号就是23，，当我构建成amber的prmtop,inpcrd的文件时，在导入到vmd中，它的显示第一个氨基酸的序号是1。。。这对以后的分析来说很麻烦，还要一个个的对应氨基酸序号才可以分析，，我仔细看了prmtop的格式，感觉它就是个网状的top结构，不能显示原来氨基酸序号的信息。不知道你有没有什么好的解决办法？
A:
一时半会儿想不起来有什么办法，问问mailing lsit吧
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2015.07.11 05:09:04
Q:
adiabatic detachmental energy(ADE)和老师您说的adiabatic ionization potential(AIP)是一样的吗？
我在文章中看到的是第一种，两者翻译出来的意思差不多？所以我有些糊涂了
A:
detachment是对于阴离子而言的，例子化势是对于中性分子而言的
Q:
哦这样，那计算方法一样吗？
A:
一样
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2015.07.11 05:20:40
Q:
请教一下如何计算激发态下的电子分布图
A:
生成激发态wfn文件，然后用Multiwfn作图
光直接作电子密度图并没什么用处
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2015.07.11 05:34:38
Q:
Sob老师，我用Multiwfn结合VMD做ESP，格点间距已经设置成0.15Bohr了，point size 图中是26，调大调小都做不到“使分子表面上的顶点紧密相连，不留明显空隙”，可得到的还是这么丑。在前期数据上还可以修改什么，使过渡更平滑，老师有什么建议？[图片]
A:
明显是原点边缘露出来了背景色。这往往是显示芯片驱动问题所致。调整抗锯齿选项，反复试试
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2015.07.11 12:21:30
Q:
http://pubs.rsc.org.sci-hub.org/en/content/articlepdf/2000/cp/b007246j
sci-hub.org是个自给自足的好东西
A:
[Emoticon]
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2015.07.11 12:33:51
Q:
Sob酱，带D3修正的DFT计算结果，总能量依然是在SCF Done的地方查找是吧？
A:
对
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2015.07.11 17:33:42
Q:
求助文献：The preparation and properties of tris(triphenylphosphine)halogenorhodium(I) and some reactions thereof including catalytic homogeneous hydrogenation of olefins and acetylenes and their derivatives http://pubs.rsc.org/en/content/articlelanding/1966/j1/j19660001711#!divAbstract
A:
自行用sci-hub搞
http://pubs.rsc.org.sci-hub.club/en/content/articlelanding/1966/j1/j19660001711
本群只允许求sci-hub下载不了的文献
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2015.07.11 18:36:14
Q:
sob老师，昨天的UV图又发现一个问题，就是通过更改FWHM可以让不明显的小峰出现，但这个值应该调到什么数才算合理呢？还是按照自己的需要让峰出来就可以了，也就是数值可以任意调整？
A:
数值有任意性。如果有实验光谱就调成和实验光谱对得最好的情况。
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2015.07.11 18:58:39
Q:
请问下高斯自带的练习在哪边有的？
A:
CPCM和PCM是一类的，具体细节不同，大同小异
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2015.07.11 19:04:10
Q:
请问有谁知道在不改变自旋多重度的情况下，怎么调整电子的轨道排布？比如说将α电子改成β电子
A:
alpha改成beta，自旋多重度是必然要变的
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2015.07.11 19:22:41
Q:
[图片]
画ELF图的时候这些怎么设定啊才能使图像显示的比较好啊
还有就是怎么把原子名称标示在图形上啊
[图片]
作出来的是这样的图看不出来什么东西
不是水啊
A:
使你的体系和研究目的而定。想表现哪个面就利用这些选项去定义作图平面恰好是那个面。
后处理菜单中就有选项显示原子标签。
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2015.07.11 19:43:07
Q:
老师，对于一个分子，初始结构稍有不同时，得到的极小结构就也有点差别，目前试过scfcon=5和6，都是这种情况，我该怎样得到全局极小呢
由于分子有110个原子，并含有重金属，不想太多无用尝试，所以向您请教，望老师及各位大神能给些建议，谢谢[Emoticon]
A:
几何优化别随意改SCF收敛限，无特殊必要不要把默认的收敛限降低。
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2015.07.11 22:34:05
Q:
请问 NPA电荷的单位应该写什么呢？
用a.u. 吗
我看有的文献中没标注单位
想问一下是不是说应该要标注
A:
a.u.或者|e|
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2015.07.12 00:03:07
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
小不小看什么体系，到底是否有弱相互作用以及弱相互作用是什么类型、对过渡态影响有多大。
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2015.07.12 02:32:36
Q:
再过半个月就可以下win10了，不知道这次怎么样
A:
win10除了DX12有用外几乎毫无意义。
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2015.07.12 02:48:44
Q:
对于包含H键的体系,gaussian中大家有推荐的方法和基组么?谢谢
A:
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
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2015.07.12 05:05:39
Q:
看上去应该是用chemdraw的钢笔工具画的[图片]
A:
没法简单这么说。记得以前回复过这个问题。
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2015.07.12 05:56:07
Q:
请教各位，Gaussian 09的输出结果文件中，如何查看每个原子的磁矩？
A:
原子自旋布居数乘以玻尔磁子
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2015.07.12 07:22:30
Q:
大家好，Dmol3做动力学模拟时，本人开始学Dmol3，菜鸟一个，有些问题不解：
在动力学模拟时，采用NH控制温度恒定，可是输入的温度与步长曲线看出温度是上下震荡的，而且震荡的非常厉害，比如我设定的5000K，温度震荡的范围有2000-13000K，这热浴恒温的方式，正确吗？
麻烦知道的说下，非常感谢！
[图片]
上次有群友说，温度上下波动是正常的，可是我发现温度波动特别的大，已经完全超出本身设定温度的几倍了。所以还是麻烦帮我看看
A:
跑的时间长一些，看平均温度。
NVE的时候势能-动能不断交换，温度就会不断波动，比如就计算H2，当运动到了键长最长时，动能为0，势能最高，到了平衡位置，动能最大，势能最低。如果你让每一步温度一直严格保持恒定，那么模拟反倒就成问题了。所以要看一段时间模拟的平均值。100步还远远不够。
Q:
谢谢sob老师，我用的NVT。平均温度怎么看呢，比如我模拟了2000步，波动特别大的点仍然是那么大哦，还是或许后面会出现温度波动不大的情况。
平均温度是指大体上上下波动的平均吧，而不用管上下波动的幅度，是不
A:
求平均值
也可以曲线放到origin做平滑化，等到平均后消除噪音的曲线
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2015.07.12 07:27:23
Q:
今天看了一篇JACS 过渡态结构优化时设置298k 这个有意义么？
我记得之前sob好像讲过结构优化的时候温度是没意义的
做过渡态优化时候里面不是涉及弱作用么
采用6-31g* 这个基组是不是有点小
A:
[图片]
Q:
动能永远不可能为零吧，没有绝对静止呀
A:
和当期说的不是一码事
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2015.07.12 07:48:48
Q:
里面在40-60个原子级别，涉及的氢键是P-O ....H-N
A:
对于较强的氢键，6-31G*优化的结构是基本合理的，只要理论方法合理。
Q:
用的是UB3LYP
A:
凑合
Q:
sob老师计算过渡态的时候用opt=stable 有意义么
A:
一般没意义
应该是stable=opt
Q:
[图片]
对的是stable=opt
这个怎么跟opt=TS联用
A:
双自由基需要特殊考虑，见
谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态
http://sobereva.com/82
Q:
这个是文献的SI
A:
先stable=opt或guess=mix或片段初猜得到对称破缺波函数，然后opt=ts的时候guess=read
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2015.07.12 08:03:13
Q:
新发的计算公社邮箱说明跟原来的有什么不同呢@Sobereva
A:
8号邮箱更新了
添加了一些内容，见索引的末尾
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2015.07.12 08:04:17
Q:
一开始用stable=opt 也是对过渡态的初猜构型来计算的吧
A:
对
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2015.07.12 08:07:23
Q:
[Emoticon]
早睡早起
A:
睡便睡，不要老打哈欠
Q:
[Emoticon]
[Emoticon]
打哈欠是会传染的
[Emoticon]
[Emoticon]
A:
[图片]
Q:
好萌好萌好萌w
萌萌哒
sob老师在国外么
A:
谁知道呢
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2015.07.12 08:10:35
Q:
我也是醉了　　怎么感觉都是１００CM－１
A:
小于100的设成100
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2015.07.12 08:13:45
Q:
老师，那我的体系含有过渡金属配合物和无机阴离子，发现用m06-l算能量比较准确，但优化过渡态时SIE问题严重。那我能否先用m06-HF优化过渡态，然后再把优化得到的结构用m06-l算能量呢？
A:
都是同一级别，显得比较诡异。考虑都用M062X，或者计算能量时用更高级别的，双杂化或后HF
Q:
好的，谢谢和 [Emoticon]
再请教一下，如果我用lc-m06-l的话，会不会对SIE问题有帮助呢？
A:
会
Q:
谢谢~
A:
你也可以尝试wB97XD
毕竟LC那种后加的不如泛函本身直接就引入长程校正更周到
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2015.07.12 08:52:46
Q:
ｓｏｂ　老师我在看您刚给我的那个链接，里面有个定义分子片段的多重度　为何是－３
[图片]
A:
体系两侧各有一个单电子，打断共价键又出来两个单电子，所以每个片段有两个单电子，应当设3
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2015.07.12 18:14:57
Q:
求助一下，高斯view里面查看的键长是以什么为单位的
是埃么？麻烦各位大神啦
A:
字号不要超过13
Q:
求助一下，高斯view里面查看的键长是以什么为单位的，是埃么？麻烦各位大神啦
A:
是
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2015.07.12 19:28:22
Q:
做不对称分子的ELF-π 图，σ和π 轨道没有严格分离，怎么选择π 轨道呢？
额那怎么处理呢？
A:
怎么不对称法？有些体系本来pi和sigma就是不能完全严格分离的，或者也就局部区域能分离（这需要基于定域化轨道来做）
----------------------------------------------------
2015.07.12 21:44:12
Q:
请问三个分子放在一起几何优化可以吗？比如三个乙炔分子。我一直出现[图片]。谢谢了
A:
可以优化，你的输入文件不合理。
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2015.07.12 23:04:13
Q:
sob老师好，麻烦问下，您是否知道如下公式中，变量代表什么意思：
[图片]
这个公式是计算结构的键长涨落，rij为原子i和j的距离。我看说<>符号表示热力学平均，那么<rij>是指什么呢？还有[图片]，都该如何计算？
谢谢，<rij>是指所有键长的的平均值，[图片]是指所有键长平方的平均值。那么这个公式里面的求和[图片]感觉没用了，因为其后面都是具体的一个值，用不到这个求和
A:
rij就是原子间距离。<rij>就是ij原子在模拟过程中的平均距离，<r2ij>就是rij平方在模拟过程中的平均值。由于要考虑所有原子对儿，所以必然要有那个加和符号
----------------------------------------------------
2015.07.12 23:29:03
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
今天热死了
Q:
[图片]
哈哈，现在中国没几个地方不热了
A:
晚上和群友出去吃顿饭，热死了，回去必须马上洗澡
好在湿度还没到最高的时候
----------------------------------------------------
2015.07.12 23:32:02
Q:
请教各位[图片]
A:
硬盘空余空间不够，写满了
----------------------------------------------------
2015.07.13 00:09:39
Q:
求助！各位学长，用赝势计算的结果能量要不要进行校正计算？需要的话，该用什么方法？谢谢
A:
不用
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2015.07.13 06:22:24
Q:
Mulliken可以准确表示电荷的转移么？我以为Mulliken只能计算静态的电荷哎~
A:
bader电荷实际上不是正确的叫法，那叫AIM电荷。见群共享里原子电荷计算方法的对比里面的讨论。AIM电荷又费时间又不很合理，不建议用。要算的话Multiwfn可以做
Multiwfn手册5.4节
----------------------------------------------------
2015.07.13 07:21:35
Q:
过渡态计算的时候怎么选择用Ts,ts2 ts3? 有什么好建议么
A:
一般用TS，实在搞不定再考虑QST2。QST3一般不用
QST2有时候给的过渡态初猜都是很差的
Q:
那在建模过程中涉及的分子间作用是用虚线连接么？还是不用任何线条连接
A:
连线无用
Q:
那两个分子间相互作用岂不是成随机的？
A:
怎么可能随机？何以随机？
Q:
对于金属有机催化反应一般是催化剂的金属原子与另一个底物的某个特定原子相作用，如果不用连接的话会不会出现催化剂与底物分子随机作用在一起？
A:
优化啊
----------------------------------------------------
2015.07.13 11:44:29
Q:
vasp里的bader应该对应aim电荷吧?
A:
对
----------------------------------------------------
2015.07.13 14:57:08
Q:
谢谢sob老师，<rij>是动力学模拟最后一个点的所有原子间距(如r12,r13,r23)的平均距离，或者是模拟过程中所有动力学点的诸如r12间距的平均距离，最后一种情况是对每个动力学步的每一种类型间距做平均，好像就特别复杂了，需要采集每一种类型间距(如r12)的所有距离，然后求平均，而动力学过程往往要几千步哦。
A:
很容易
动力学处理上万帧都是常见的
算这个不会花多少时间
Q:
那也就是说<r12>是指动力学过程中所有帧中r12距离的平均，对吧
不好意思，我是这样理解的，但是又怕理解错了，所以再确认
还有，什么软件可以得到动力学模拟过程中诸如<r12>的值呢，如果自己手工采集好像不太现实，会有几千帧，采集每一帧的所有原子键长，然后求同种如r12的平均键长，工作量可能不小。如果有软件方便就好了
谢谢，不会编哦，不知道群里是否有处理MS dmol3的动力学结果的脚本
A:
将Material Studio的xtd轨迹文件导出为xyz轨迹文件的方法
http://sobereva.com/143
转换成xyz轨迹后可以自己编程序分析处理，也可以编写VMD的Tcl脚本处理，后者更方便，所需代码量很小。
Q:
Sob老师 VMD处理起来会比较卡吧！转化成xyz之后，轨迹应该是很大的
A:
他做的是AIMD，体系本身就很小，轨迹不大
Q:
自己编程处理几千帧已经很小了，现在的动力学基本上在100ns级别了！
转个格式，编个fortran程序就行了！Sob老师有一个MS轨迹转化成xyz格式的脚本，你在Sob老师的博客上找找！（当然转格式之后，轨迹文件很大，建议在集群上处理）
A:
MS里面虽然也可以自己写perl脚本去分析，但写起来远比VMD的Tcl麻烦，灵活性也低得多
----------------------------------------------------
2015.07.13 16:12:27
Q:
[图片]sob老师，请问这个怎么解决
A:
[图片]
Q:
不好意思，老师，我删了一些chk文件，仍显示空间是0？
A:
chk又不占多大空间
Q:
老师，以前都是考虑内存，什么文件占硬盘[Emoticon]
A:
机子上什么文件占空间大只有自己知道
Q:
老师，galloc: could not allocate memory.这个情况呢？
A:
%mem设得太大
Q:
%nprocshared=8
%mem=14GB老师，这个设置有什么原则吗
如果不写服务器会根据自己配置分配吗
A:
建议小于物理内存2G以上，并且如果机子还有其它耗内存的任务在跑就需要设得更小（用top看）
我忘了，很久不用那个脚本了
Q:
请问默认是调用多少
A:
不要管默认的，这样重要的参数要自己设
Q:
老师，%nprocshared=4 %mem=1.6GB，这样可以吗，以前有帖子说 %mem设的大了算得快，是不是不对啊
A:
你先明确你的物理内存有多少，用的高斯什么版本，算的什么体系、用的什么方法
----------------------------------------------------
2015.07.13 16:12:27
Q:
请问　配位化合物，体系是９３个原子，４６６个电子，　带１个负电荷。　请问自旋多重度应该怎么判断?
A:
如果没有经验，1,3,5,7都算算试试
----------------------------------------------------
2015.07.13 16:50:51
Q:
sob老师，我问一下，算频率时出现这个警告是什么意思 General basis read from cards: (5D, 7F)
Warning: center 1 has no basis functions!
Warning: center 2 has no basis functions!
Warning: center 3 has no basis functions!
A:
基组定义不对
Q:
# freq ub3lyp/genecp geom=connectivity
P O H 0
6-31G**
****
Ru 0
LANL2DZ
****
Ru 0
LANL2DZ
A:
前三个原子是什么元素？
Q:
Ru P O
A:
输入文件直接贴上来或者传群共享里
Q:
[图片] 尚绝竹★ 分享文件 09:01:39
"算频率输入文件.doc" 下载
A:
直接上传gjf文件就完了，弄成word文档也不好给你试
Q:
[图片] 尚绝竹★ 分享文件 09:06:34
"Ru(PO4)4H2O.gjf" 下载
A:
并没有你的贴出来的错误
Q:
Rotational constants (GHZ): 0.2059624 0.1779415 0.1400500
General basis read from cards: (5D, 7F)
Warning: center 1 has no basis functions!
Warning: center 2 has no basis functions!
Warning: center 3 has no basis functions!
Warning: center 4 has no basis functions!
Warning: center 5 has no basis functions!
Warning: center 6 has no basis functions!
Warning: center 7 has no basis functions!
Warning: center 8 has no basis functions!
Warning: center 9 has no basis functions!
Warning: center 10 has no basis functions!
Warning: center 11 has no basis functions!
Warning: center 12 has no basis functions!
Warning: center 13 has no basis functions!
Warning: center 14 has no basis functions!
Warning: center 15 has no basis functions!
Warning: center 16 has no basis functions!
Warning: center 17 has no basis functions!
Warning: center 18 has no basis functions!
Warning: center 19 has no basis functions!
Warning: center 20 has no basis functions!
Warning: center 21 has no basis functions!
Warning: center 22 has no basis functions!
Warning: center 23 has no basis functions!
Warning: center 24 has no basis functions!
Warning: center 25 has no basis functions!
Warning: center 26 has no basis functions!
Warning: center 27 has no basis functions!
Warning: center 28 has no basis functions!
======================================================================================================
Pseudopotential Parameters
======================================================================================================
Center Atomic Valence Angular Power
Number Number Electrons Momentum of R Exponent Coefficient SO-Coeffient
======================================================================================================
EOF while reading ECP pointer card.
Error termination via Lnk1e in E:\G09W\l301.exe at Sat Jul 11 15:11:42 2015.
Job cpu time: 0 days 0 hours 0 minutes 3.0 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 5 Int= 0 D2E= 0 Chk= 1 Scr= 1
A:
输出文件直接传群共享里
Q:
[图片] 尚绝竹★ 分享文件 09:17:32
"f-Ru(PO4)4H2O.out" 下载
A:
你这输出文件和输入文件不对应。
你传的gjf文件没问题
一看route section就知道，你这个输出文件根本不是你传的输入文件跑的结果
Q:
[图片] 尚绝竹★ 分享文件 09:22:23
"f--Ru(PO4)4H2O.out" 下载
对不起老师。刚才传错了
A:
老生常谈
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
----------------------------------------------------
2015.07.13 17:58:12
Q:
请问sob老师，我用的ts的结构计算tddft得到的uvvis spectrum是有意义的吗？
A:
没意义
----------------------------------------------------
2015.07.13 18:06:58
Q:
做模拟计算的能写发明专利么[Emoticon]
A:
不能
----------------------------------------------------
2015.07.13 18:29:27
Q:
谁有scan扫描的输入文件？
我想做一个铁催化剂单重态和三重态的比较
底物是1-丁烯
希望老师和同学们给予建议和帮助
谢谢
老师，能帮解决一下吗
输入文件？
你有吗
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2015.07.13 18:43:32
Q:
老师，有没有催化剂和底物作用的输入文件啊？
想做一个类似的图，我应该算什么？
[图片]
A:
几何优化、MECP搜索
使用MECP程序结合Gaussian程序搜索极小能量交叉点
http://sobereva.com/286
----------------------------------------------------
2015.07.13 18:49:04
Q:
[图片]老师这样的图形是VMD调节出来的吗？外面的红圈是ZZ方向的去屏蔽吗？而我调节多层的等值面的图形就没有去屏蔽那一层呢？是不是我调节的缺步骤？这是我做的[图片]
A:
你先做个苯分子的，正确重现出来再搞你自己的
注意等值面isovalue设成负值时才显示负值等值面
----------------------------------------------------
2015.07.13 18:55:43
Q:
三线态分子 chk文件如何看HOMO/LUMO
A:
字体用宋体，字号最多不要超过13
----------------------------------------------------
2015.07.13 19:01:55
Q:
想找轨迹文件中两个结构的过渡态，先把它们优化到极小，但分子旋转厉害，导致坐标差别很大，这样用QST2找过渡态时反应物和产物的结构用优化前的还是优化后的坐标
好的，想找轨迹文件中两个结构的过渡态，先把它们优化到极小，但分子旋转厉害，导致坐标差别很大，这样用QST2找过渡态时反应物和产物的结构用优化前的还是优化后的坐标
A:
优化后的。
如果你说的旋转主要是整体朝向变了，这无所谓，QST2是基于内坐标搞的
----------------------------------------------------
2015.07.13 19:07:40
Q:
分子动力学里的mask翻译成什么比较好？
Sander does not have a TI mask as it replicates both non-transformed and non-softcore atoms.
A:
mask是amber程序里特有的称呼，并不是分子动力学里的概念
----------------------------------------------------
2015.07.13 19:14:14
Q:
我想算一个小分子与一个蛋白的自由能，怎么算最合理@Sobereva
A:
如果你指结合自由能，一般用MMPBSA、MMGBSA
Q:
小分子和蛋白是在水、离子环境下的，MMPBSA、MMGBSA可以除去水、离子的作用吗？
A:
做这种计算都是把水、离子脱掉在PB/GB隐式溶剂模型下做的
不熟悉的话先follow amber官网的例子
Q:
Thermodynamic integration方法也可以算结合自由能，不过局限于结合前后构象变化较小的场合。
A:
还有很多方法，诸如SMD。
但无疑MMPBSA/MMGBSA是最省事最主流的
----------------------------------------------------
2015.07.13 22:52:45
Q:
请问 GAMESS 可以做能量分解么？multiwfn只能够做部分能量分解，对吧？英国版本和美国版本的GAMESS 有什么区别？
A:
可以，对。UK收费，功能比US弱
----------------------------------------------------
2015.07.14 00:15:10
Q:
请问MP2和RI-MP2计算方法差别在哪写关键词时候有什么注意的吗尤其是RI-MP2
A:
RI-MP2用了RI加速，内存和计算时间都大大节约，精度有轻微损失
----------------------------------------------------
2015.07.14 01:27:44
Q:
群里哪位知道如何从MS 的动力学模拟文件xtd里提取所有动力学模拟步的某一原子对键长。谢谢了
A:
转成xyz轨迹，载入到VMD里，直接在graphics-labels界面里就可以看到键长的变化曲线以及导出键长 vs 时间的数据。
----------------------------------------------------
2015.07.14 01:34:07
Q:
@Sobereva老师你好：看你们的培训时间和高斯培训冲突了，你们这个培训一年几次啊？
A:
下次预计是一年后
Q:
看你们好像半年一次呢
A:
否
愿意参加哪边的自行决定，我敢说科音的讲得一定更好
Q:
两次一起报，多少钱啊？老师？
A:
www.keinsci.com上有通知
暑期量化和波函数分析一起报学生1400
----------------------------------------------------
2015.07.14 01:53:05
Q:
求文献http://pubs.rsc.org/en/Content/ArticleLanding/2010/CP/b914720a
A:
本群只允许求sci-hub下不了的文献！！！
使用方法见群共享里的群规
发言时字号不要超过13号
----------------------------------------------------
2015.07.14 02:30:14
Q:
谢谢sob老师，用您的XTD2XYZ试着把xtd文件转化为xyz时，MS里面tools-scripting-debug（或者直接按F5，或者按工具栏的蓝色三角按钮）界面灰色，不能操作debug，不知道为什么。
XTD2XYZ里面的my $doc = $Documents{"./benzene.xtd"}; 改成要转换的文件名。
A:
[图片]
没问题啊
很顺利就转了dmol3的轨迹
Q:
[图片]
为哈我的不行呀
[图片]
A:
[Emoticon]不知道
Q:
就是按照方法做的，[Emoticon]
A:
MS6.0、MS7.0都没问题
Q:
老师应该卖个萌，说，布吉岛
A:
[图片]
Q:
不知道有哪位碰到过此情况，我咋找不到原因呢
A:
卸了，装个MS7.0看看
Q:
还有sob老师，是不是要转化的文件夹里面需要有.trj文件，我显示隐藏的文件，就是没有.trj文件呀
A:
应该不是这个问题
----------------------------------------------------
2015.07.14 02:39:14
Q:
sob老师我想请教一个建模的问题我今天试很久了还是没成功
我想构建一个烷烃体系外面用二氧化硅包裹类似核壳结构
应该怎么构建呢我用packmol构建了烷烃但是不知道怎么用二氧化硅包裹
A:
有文献的例子没？
Q:
我用ms构建了二氧化硅但是中间不知道怎么掏空
A:
光是掏空好办
但是包裹的时候结构应该会有很大变形
Q:
文献没有呢
这样子呀所以应该怎样构建是正确的呢
packmol不能构建晶体吧否则我觉得还是蛮方便的但是现在不知道怎么解决
A:
MS的操作忘了，但能掏空肯定是没问题的。
也可以在MS里延展复制成足够大的复晶胞，在gview里掏，gv可以选择距离某个原子一定距离的原子，由此去除多余的
packmol干不了这个
等弄出二氧化硅球层后，你再用packmol把烷烃塞进去
Q:
但是我想构建核壳是长方体的相当于中间挖一个正方形
不是呢@ruanyang
A:
那你就用VMD挖，基于几何来选择非常方便
Q:
[图片]
A:
不用写脚本，直接在selected atoms里输入坐标范围即可
Q:
就是图中的正方形掏空
填入烷烃
A:
先预览好了，然后在save coordinate的时候把选择范围输进去
Q:
具体怎样操作方便点呢用vmd吗
A:
比如直接写not {x>1 and x<8 and y>24 and y<35 and z>1 and z<5}就行了
Q:
然后输出坐标是吗
A:
你保存的新坐标的时候选择范围如果输入这样，保存出来的新结构就没了x>1 and x<8 and y>24 and y<35 and z>1 and z<5这部分定义的矩形
Q:
嗯嗯好的我试试看
如果要准确地扣除中间的正方形
A:
对。
你也可以在graphics-represetnation界面里输入你的选择范围，一点点调数值，直到图形窗口看到的结构就是你需要的。
Q:
能不能这样做，先得到这个构型的center（x,y,z)然后按照中心确定(xmin,ymin,zmin),(xmaz,ymax,zmax) 然后在移除这个区域的原子，保存剩下的结构，这样应该会方便一点吧
A:
可以
标准做法就是这样
((x-33)^2+(y-14.5)^2)<120 and z<40 and z>30
Q:
[Emoticon]我试试看
对vmd的操作还不是很熟悉这个直接看手册吗
A:
VMD先自己把各个菜单选项都玩玩，这样更快。不明白的或者要了解更深入再看手册
----------------------------------------------------
2015.07.14 03:11:55
Q:
老师好，我用的gromacs4.5.4，请问怎么样子在一个给定边长的盒子里添加一定数量的分子，或者一定密度的分子呀？
A:
用genbox，有个nmol选项设定加多少个
Q:
我用的genconf。。。是不是不合适
genconf -f input.gro -nbox 2 3 4 -o output.gro
A:
genconf不是干这个的
Q:
我还以为要先生成一个初始构象再添加周期性边界呢
那我用genbox之后，生成了一个盒子，再加周期性边界，对不
A:
不是加周期性边界，而是模拟过程中启动PBC就行了
Q:
那再请问，我用genbox插入一定浓度小分子进入盒子，是不是不需要再editconf了呀？editconf只是设定盒子形状和边界距离对不
A:
genbox之后如果已经达到目的了就没必要editconf
----------------------------------------------------
2015.07.14 03:12:06
Q:
各位老师，请问，做ELF，三重态可以做吗？是不是必须得是闭壳层呢？
A:
开壳层没问题
----------------------------------------------------
2015.07.14 03:15:06
Q:
那sob老师， OCC NO = 闭壳层是2，我做了个三重态的，这个NO值变成1，那我分析sigma或者pi，直接换为0或者1就可以了吗？
A:
对
----------------------------------------------------
2015.07.14 03:23:53
Q:
也就是关键是要看我干什么，没有固定的先后顺序的，对不？
A:
对
----------------------------------------------------
2015.07.14 03:25:41
Q:
再想请教一下Sob老师，我看文献里面报道，说他们在OPLSAA基础上修改了力场，适用于他们的体系，这个力场修改是怎么实现的呀？
A:
自己编辑gmx的oplsaa力场参数文件，或者在自己的top里进行一些修改
----------------------------------------------------
2015.07.14 03:26:32
Q:
Sob老师在设定了 pull = umbrella之后，pull_geometry=distance 那个参数pull_init1 表示的是在t=0时刻 pull group和reference group之间的质心距离吗？？还是使用默认值0.0呢？？
A:
pull的事记不太清了，找个简单体系测试一下就知道了。当时写pull的博文的时候很多结论都是这么实测出来的。
----------------------------------------------------
2015.07.14 03:29:09
Q:
请问 H和H之间 2.28Å 的一般是什么作用力呀
是π-π作用吗
A:
H哪有pi-pi
H的范德华半径是1.2。2.28大体相当于两个氢的加和，显然就是普通的范德华作用。
Q:
那就写Van der Waals' force 就好咯？
A:
恩
Q:
谢谢老师
A:
Van应该是van
Q:
H-H作用可被争吵了好多年了
A:
闲得没事干
----------------------------------------------------
2015.07.14 03:33:37
Q:
sob，讲义打印的是否有装订？
培训班
A:
有
----------------------------------------------------
2015.07.14 03:43:55
Q:
用vmd命令怎么找到中心呢
A:
measure center [atomselect top all]
----------------------------------------------------
2015.07.14 03:46:33
Q:
Sob老师，我算的轨道共有86个[图片]，这个就是开壳层，可是下边又继续出现
[图片]
A:
前边是alpha的，后边是beta的
Q:
[图片]可是sob老师，他的CMO是这个样子的呀
A:
wfn文件只记录占据轨道
别管这个
你载入Multiwfn后屏幕上直接就提示了哪些轨道是alpha哪些是beta
Q:
那我不需要管这些，直接把占据轨道的NO值改了就可以了吗？
我目前还不会用Multiwfn这个程序
A:
对
你这么用文本编辑器改费事，直接用Multiwfn主公能6的选项26，输入轨道编号诸如2,3,5-8，然后设0，就完事了。
Q:
对，我这个改的特别麻烦。
A:
主功能
Q:
sob老师，我还有个问题得麻烦您一下。就是同一个结构，单重态和三重态分析出来的ELF和AdNDP有差别吗？
A:
显然有
Q:
额？可是电子不是没有变吗？都是那么多呀？这个影响大吗？
A:
[Emoticon]
----------------------------------------------------
2015.07.14 03:50:15
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
对
你这么用文本编辑器改费事，直接用Multiwfn主公能6的选项26，输入轨道编号诸如2,3,5-8，然后设0，就完事了。
Q:
主公能？老师要登基了……
[Emoticon]
A:
主功能
Q:
[Emoticon]
阿拉丁把财产阿波罗
[图片]
为什么感觉好奇怪
[Emoticon]
A:
graphics-representation，drawing method改为dynamic bonds
----------------------------------------------------
2015.07.14 03:55:58
Q:
Sob老师，genbox -ci insert.gro -box 5.8 5.8 5.8 -nmol ？？ -o output.gro 我问号那个地方的参数是分子数目么？还是
A:
是
这种问题genbox -h一看就知道了
----------------------------------------------------
2015.07.14 03:58:01
Q:
老师怎么在当前选中的情况下保存坐标信息呢[Emoticon]
A:
file-save coordiante
Q:
这个选项是黑的[Emoticon]
[图片]
A:
VMD main里先选中已有的那项
----------------------------------------------------
2015.07.14 04:29:57
Q:
前段时间还有一个群友说起她老师让她用DFTB研究弱作用
A:
DFTB也能研究弱相互作用，但同样要考虑色散校正。
----------------------------------------------------
2015.07.14 04:31:00
Q:
PBC应该是这个 ,PBC指的什么
这样啊，我刚走gaussian里的OVGF看到个PBC，好奇的问一下，谢谢。
A:
OVGF和PBC并无关系
----------------------------------------------------
2015.07.14 04:35:55
Q:
sob 老师请问下文献里得到某些基态的能量和激发态的能量，这个是可以实验测定的么？
[图片]
对啊
但是这个绝对值怎么知道的
A:
肯定是有参考值的。
Q:
那这个一般是以什么为参考的？
H2么？
A:
看文章怎么说的
Q:
没有给出啊
A:
问作者
----------------------------------------------------
2015.07.14 04:49:00
Q:
[图片] 老师这个数字叠到一块去了怎么破
A:
用9 Set shifting of composition labels，使得标签位移一点
Q:
完美解决。谢谢老师。另外，纵坐标是不是只反映了轨道间的能级差，经过shift之后，并不是轨道的真是能量了
A:
shift不影响相应片段的轨道相对能量，影响绝对能量
你说的是哪个shift？我是指12 Set orbital energy shifting value这个
----------------------------------------------------
2015.07.14 04:56:51
Q:
@Sobereva大神，有机小分子基态是5重态能量最低，那计算激发态用的5重度的结构？[图片]这是算出td激发态，红圈里表示什么啊？[Emoticon][Emoticon]
A:
就是指的这个态的自旋多重度2S+1
Q:
[图片]请问下，对于0,1分别指的是中性物质和离子型物质的平衡几何结构，这是什么意思？用高斯怎么算呢？
A:
平衡几何结构=优化的几何结构
Q:
老师，那中性物质和离子物质是改变电荷和自旋多重度来实现么
A:
是
Q:
大神，基态是五重度，计算单线态激发态或三线台激发态跃迁禁阻吗[Emoticon][Emoticon][Emoticon]
A:
禁阻
----------------------------------------------------
2015.07.14 05:04:54
Q:
[图片]另外，老师这个图的尺寸好像更大，是怎么办到的呢
A:
有保存图像的选项
Q:
老师选2就直接保存了没有出现选项呢
A:
屏幕上都已经提示了
仔细看屏幕上一切提示的信息
----------------------------------------------------
2015.07.14 05:05:53
Q:
大神，那基态是5重态能量最低，计算激发态时多重度怎么设置？[Emoticon][Emoticon]麻烦了
A:
5
----------------------------------------------------
2015.07.14 05:06:05
Q:
GaussView的问题：用的群里发的5.09，今天突然遇到软件打开后主界面闪退，再找不到了。但可以看到它在后台运行，重装无效。
A:
软件冲突
----------------------------------------------------
2015.07.14 05:14:25
Q:
[图片]请问一下这种类型的原子密度分布图怎么做出来的？？
A:
sigmaplot
Q:
我看看
A:
先自己写脚本或程序统计出密度数据，弄成x,y,value数据点的形式
Q:
3列数据就能搞定？？ Origin能做吗？
A:
对于这种图效果没sigmaplot好
也没那么方便
Q:
老师真没找到相关选项。是我的版本不对吗
A:
选完2，如屏幕所示，文件已经保存在当期目录下了
----------------------------------------------------
2015.07.14 05:40:08
Q:
sob老师，我用MS 7.0，通过您的xtd2xyz转化得到xyz轨迹，可是如何通过VMD在graphics-labels界面里得到键长VS时间数据呢，打开之后的Lables界面如下，点那个都点不动。
[图片]
A:
先点键盘上的2，然后点击要量的两个原子，之后这个界面上就能看到有相应的项，然后再graph标签页里看
----------------------------------------------------
2015.07.14 06:03:42
Q:
http://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/jp0549677
麻烦帮忙下篇文献，谢谢
A:
[图片]2015-07-13[图片]
额滴世界＆你卟懂(451313273) 17:34:21
请教一下：如果想做关于铜催化的有机反应，做哪方面的好呢
额滴世界＆你卟懂(451313273) 17:34:58
就是研究有机反应机理的
额滴世界＆你卟懂(451313273) 17:35:00
谢谢
_sky(1137944179) 17:35:20
你这问题好难回答
额滴世界＆你卟懂(451313273) 17:35:54
呵呵
_sky(1137944179) 17:36:08
要是遇见了问题还好说
_sky(1137944179) 17:36:09
哈哈
额滴世界＆你卟懂(451313273) 17:36:16
就是有人研究这方面的多吗？
乐平(56792779) 17:36:35
这个问题最好和你的导师商量
额滴世界＆你卟懂(451313273) 17:36:56
好吧，我们是自己找课题的
额滴世界＆你卟懂(451313273) 17:37:01
谢谢
Sobereva(190258442) 17:37:22
下次预计是一年后
乐平(56792779) 17:38:51
自己找课题也要和导师商量啊
额滴世界＆你卟懂(451313273) 17:39:38
好吧
乐平(56792779) 17:40:05
[Emoticon]
★寒◆☆◆洋★(991746106) 17:40:11
看你们好像半年一次呢
Sobereva(190258442) 17:40:22
否
Sobereva(190258442) 17:42:59
愿意参加哪边的自行决定，我敢说科音的讲得一定更好
★寒◆☆◆洋★(991746106) 17:45:13
嗯，那边是英文的听说
★寒◆☆◆洋★(991746106) 17:50:21
两次一起报，多少钱啊？老师？
Sobereva(190258442) 17:52:05
www.keinsci.com上有通知
暑期量化和波函数分析一起报学生1400
初尘(1109475838) 17:53:05
求文献http://pubs.rsc.org/en/Content/ArticleLanding/2010/CP/b914720a
Sobereva(190258442) 17:53:47
本群只允许求sci-hub下不了的文献！！！
Sobereva(190258442) 17:54:06
使用方法见群共享里的群
Q:
唉……
A:
弄错了
要复制的是这个：
Sobereva(190258442) 17:53:47
本群只允许求sci-hub下不了的文献！！！
Sobereva(190258442) 17:54:06
使用方法见群共享里的群规
怎么说都没用
[Emoticon]
----------------------------------------------------
2015.07.14 07:17:29
Q:
老师，我用m06系列泛函opt了一个含过渡金属和无机阴离子的体系，对于其中的氢键长度，发现m06-l和m06的结果差不多，而m06-2x和m06-HF的结果也差不多，前两者和后两者的差别就比较大。我也看过m06系列的原始文献，感觉就氢键计算来说这几个泛函都还不错，但HF成分低的貌似更适合于过渡金属，而对于阴离子，则需要高的HF成分来减小SIE的影响，而我的体系刚好就这两者都有…所以想请教下老师，我该选择哪个结果比较好呢？
A:
wB97XD也算一下看看
----------------------------------------------------
2015.07.14 07:28:41
Q:
求文献http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0009261410006214
谢谢
A:
[图片]
Q:
[Emoticon]
A:
还以为明天才会第一次用
Q:
我也在想啥时候会第一次用到www
A:
真是的，一个小时前才刚提醒完
Q:
不好意思，sob老师，我之前可能用hub下多了，现在不能用呀
A:
怀疑除了求文献时都不打开群
这种特殊情况应在求的时候注明
Q:
恩恩，我还想着啥时候能好了呢
A:
传群共享了
Q:
赞图，老师真好...
A:
[Emoticon]
Q:
卖的一手好萌
@Sobereva
A:
主群里昵称没变啊
----------------------------------------------------
2015.07.14 08:07:22
Q:
sob，培训是不是每天都从早到晚？
A:
早上9点开始，晚上6点结束。
每天最后会答疑到最后一个提问者离开。
Q:
我还以为有时间玩一玩[Emoticon]
那就以学习为主[Emoticon]
A:
周六日可以玩
基础量化部分信息量很大，每天晚上建议先预习预习
Q:
需要自己带电脑吧
A:
对
----------------------------------------------------
2015.07.14 12:45:47
Q:
老师，我过度态跑irc,正常终止后得反应物，将所得反应物几何优化，仍然不收剑，是什么缘故啊，怎么解决老师
A:
还是老生常谈的问题
----------------------------------------------------
2015.07.14 16:39:13
Q:
老师，这么设置PBC的空间群是对的吗？
[图片]
A:
你用cell标签页里的选项进行复制延展，如果复制延展几倍之后确实和实际结构一致说明没设错。
----------------------------------------------------
2015.07.14 16:57:00
Q:
看到了老师的一些帖子
老师什么时间能上来？
请问你对Multiwfn熟练不？
http://sobereva.com/159，这个帖子里，Sobereva老师给出了个例子
3。3。7版本根本不能运行，直接闪退，换了3。3。6版本，能跑，但计算得到的参数全部都是0，是怎么回事？
换了3。3。6版本，能跑
但计算得到的参数全部都是0，比如能量是0，正的负的什么值，全都是0
wfn
http://sobereva.com/159，就是按照这里说的来做的
不知道是不是程序问题，对这程序一点还不熟悉
我也不知道呀，就按帖子里http://sobereva.com/159，说的来做的
[Emoticon][Emoticon]
A:
最基本的这里都写得很清楚
Multiwfn入门tips
http://sobereva.com/167
帖子也写得很清楚，不要急急忙忙
Q:
[图片]，可以将数字和标度刻度按照自己的要求来设置吗？例如设置成[图片]
A:
ps抹掉0.005步长的就行了
Q:
现在有病乱求医啊，编辑给的修改时间太短了
A:
欲速则不达
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2015.07.14 17:32:04
Q:
[图片][图片] 老师最后的构象提取了又跑了一遍还是这个结果现在该怎么办呢
A:
老生常谈
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
不要写5/13=1
Q:
去掉5/13=1就行？ 2 /16=1要不到去除啊谢谢
A:
去掉也没用。我只是强调，不要写这种有百害而无一利的关键词。
凡是不知道干什么的、没搞懂含义的关键词一律不要写！
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2015.07.14 17:33:27
Q:
两条短肽聚集在一起，有什么方法可以判断它们之间疏水作用的大小？
A:
可以考察一下SASA面积在结合前后的变化
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2015.07.14 17:38:08
Q:
请问老师，算偶极矩的关键词怎么修改？
A:
默认就输出了，改what？
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[群聊Q&A整理] 公社群聊Q&A整理：2015.07.10 19 ~ 2015.07.14 18 Concate

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