求助：布洛芬100晶面（132个原子）如何生成GROMACS的输入文件

WuQs · 发表于 Post on 2022-11-16 11:30:55

本帖最后由 WuQs 于 2022-11-16 12:51 编辑

1.我有看过sob老师的生成拓扑文件的几种方法，想使用Gaussian+multiwfn+sobtop进行生成；但是132个原子用高斯计算较为困难，按照sob老师之前说的降低基组然后将em和opt分开进行还是不行；算着算着就错了；是否有其它方式适合生成拓扑文件，或者怎么修改使这种方式可行。
2.看到文献里使用的GAFF力场，但是GAFF力场好像并没有官方的力场可以下载；遂尝试使用opls力场和7: SPC/E extended simple point charge，然后出现Fatal error:
Residue '' not found in residue topology database ；我意识到可能是.pdb文件格式不对，或者未对应opls力场修改.pdb文件；但是不懂这里要怎么改。

sobereva · 发表于 Post on 2022-11-16 20:19:35

1 132原子的计算根本就没什么困难的，哪怕个人PC也不是个什么事。嫌DFT优化这步太耗时就用半经验或GFN-xTB凑合
要搞清楚，是每类分子各自建立一个拓扑文件，用sobtop等工具创建拓扑文件绝对不是对复合物而言的，sobtop主页的FAQ里都明确说了

再顺带一说，有些零基础的GROMACS初学者，居然试图用Sobtop产生整个模拟体系（含一大堆分子）的拓扑文件，然后直接用GROMACS跑，这种做法是极端野蛮粗暴不可理喻的。这么做可能在Sobtop里耗时很高，而且所有分子的拓扑信息都搅合在一起作为一个[ moleculetype ]出现时会特别难以管理和修改。

你对拓扑文件的基本理解有严重问题。先把基本原理想明白再去做，别赖程序

2 “GAFF力场好像并没有官方的力场可以下载”似乎你都不知道什么叫力场
但凡遇到什么问题，首先要想的是怎么正确地解决问题，而不是瞎试一些根本没用的白浪费时间

WuQs · 发表于 Post on 2022-11-16 21:51:53

本帖最后由 WuQs 于 2022-11-16 21:54 编辑

好的，太着急了，谢谢老师；但是这个不算是复合物，因为是一个晶体结构，所以这四个分子是一类，都是布洛芬分子，因为不清楚这样子计算是否会破坏晶体的结构，所以就用了一个单元去算

sobereva · 发表于 Post on 2022-11-17 02:17:04

WuQs 发表于 2022-11-16 21:51
好的，太着急了，谢谢老师；但是这个不算是复合物，因为是一个晶体结构，所以这四个分子是一类，都是布 ...

只要单个分子的拓扑文件构建得得当，现实中能维持的簇结构自然就能维持，计算分子晶体时也能正常维持晶体结构。

倘若你就挖一个簇出来单独在真空中跑MD，边缘原子还不做冻结，不严重变形才怪

WuQs · 发表于 Post on 2022-11-18 14:25:23

sobereva 发表于 2022-11-17 02:17
只要单个分子的拓扑文件构建得得当，现实中能维持的簇结构自然就能维持，计算分子晶体时也能正常维持晶体 ...

阿里嘎多

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