关于周期性的请教和为何非键参数为零？

努力向上的boy

1、体系中有溶质（为由几条一定聚合度的聚合物链组成的晶体）和溶剂，在模拟的时候设置了周期性，如何理解溶质部分原子跑出了盒子的边界？
具体的描述：建盒子的方法是将溶质置于盒子中间，溶质xyz三个方向距离盒子的边缘都大于1.5nm，在模拟结束后，溶质部分跑出了模拟的盒子，当用vmd打开最后的结构时，当显示了相邻盒子的构象后，溶质与相邻盒子溶质相接触或者距离小于截止半径，去掉周期性依旧有这种情况，请问这是正常的吗？或者说周期性有影响吗？
2、除了rmsd的计算，氢键、rdf、空间分布函数、二面角，旋转半径，相互作用能的计算需要去掉周期性让溶质都在盒子内吗？另外，这些分析需要将gromacs的版本从gpu换到普通版本吗？
3、在力场文件中，有些氢原子的非键参数设置为0，请问这该如何理解呢？例如一些羟基或者羧基的氢。

sobereva

1 看上去跑出边界是因为gro文件保持了分子完整性。显示出相邻镜像后，和相邻盒子里的溶质接触也很正常，本来实际凝聚相中分子就是紧密堆积的，但如果是不合理的过近接触就有问题了。

2 不需要
本来那些后处理分析也不是在GPU上做的，哪怕你编译的是GPU版

3 有的力场的某些氢的LJ参数就是0，大部分水模型（CHARMM-TIP3P除外）的氢也都是如此。氢的半径非常小，带电子数很少，而且相连电负性较大的原子时电子就更少，所以一些力场在优化参数时直接忽略了有些类型的氢的范德华作用。

努力向上的boy

sobereva 发表于 2021-9-5 01:13
1 看上去跑出边界是因为gro文件保持了分子完整性。显示出相邻镜像后，和相邻盒子里的溶质接触也很正常，本 ...

谢谢老师的回复。
1、请问老师这个过分的接触是指原子有接触吗？如果存在一定的距离，即使距离小于1.2nm也是没事的吗？
2、即使溶质跑出盒子外面或者有部分断裂，在计算氢键等的时候也不需要处理吗？

sobereva

努力向上的boy 发表于 2021-9-5 18:19
谢谢老师的回复。
1、请问老师这个过分的接触是指原子有接触吗？如果存在一定的距离，即使距离小于1.2nm ...

1 当然没事。我说的是不能几乎都重叠到一起，那才叫不合理接触
2 不用管。gmx hbonds可以恰当考虑PBC