生物蛋白小分子体系ONIOM运行结果异常

知黑守白 · 发表于 Post on 2021-9-10 16:24:42

本帖最后由知黑守白于 2021-9-11 14:23 编辑

由于要分析生物蛋白小分子体系，上手了oniom
千辛万苦调试搞出的gjf文件终于能算了，Gaussian16优化结构，刚算一天发现了一些异常，如图1所示，显示为低精度算整体的能量值为一串“****”

使用TAO监测能量结果，输出如图2所示，在66个round之后，能量呈现为“****”

把此输出的log文件放进gview，也并不能看到结构，报错如图3所示，还是能量***的问题

但是任务一直没报错停下，还在算，但是【收敛性】毫无意外的全是【No】了

任务计算的关键词为：#p opt oniom(b3lyp/def2svp:amber=hardfirst) geom=connectivity

想请教大佬们：1. 这个结果是什么意思？（个人理解是低精度算出来的real体系能量爆表了）大概是什么原因导致的？和计算的体系大小有关吗？

2. 当前体系含有亚铁血红素HEM，所以gjf文件末尾补全了很多参数，补全的参数是根据差不多一样的原子类型去AMBER，parm99.dat文件里面找的，可能不会特别精确，但是应该定性正确，这对计算结果有多大影响吗？

3. 如果顺利结束，oniom的输出结果大概需要注意什么呢？是否注意能量、结构就可以了呢？

先行感谢大佬们的指点

sobereva · 发表于 Post on 2021-9-10 18:30:27

要善用簇模型，不要盲目用ONIOM算蛋白质-小分子相互作用问题
http://sobereva.com/597

知黑守白 · 发表于 Post on 2021-9-11 08:59:21

sobereva 发表于 2021-9-10 18:30
要善用簇模型，不要盲目用ONIOM算蛋白质-小分子相互作用问题
http://sobereva.com/597

多谢卢老师回复！！

您推荐的簇模型我也在学了，只是本着学习的态度，oniom这个报错查不到原因很难受

请问卢老师这个是低精度算real体系能量值爆表的意思吗？

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[Gaussian/gview] 生物蛋白小分子体系ONIOM运行结果异常