计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 12509|回复 Reply: 7
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 求助GROMACS计算MM/GBSA的步骤

[复制链接 Copy URL]

47

帖子

0

威望

201

eV
积分
248

Level 3 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
请问有没有老师成功的做过gromacs生成的文件转换成Amber的格式计算MM/GBSA的?本人按照文献提到的方法进行尝试,总是失败,应该是格式转换的问题。或者哪位大神可以出一个教程帖子么?不胜感激。愿意有偿。

374

帖子

2

威望

1539

eV
积分
1953

Level 5 (御坂)

2#
发表于 Post on 2020-5-15 18:28:21 | 只看该作者 Only view this author

47

帖子

0

威望

201

eV
积分
248

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-15 23:45:18 | 只看该作者 Only view this author
wuzhiyi 发表于 2020-5-15 18:28
https://rashmikumari.github.io/g_mmpbsa/
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0010465 ...

是计算MMGBSA,用AMBER的方法。谢谢您。

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120181

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2020-5-16 00:23:54 | 只看该作者 Only view this author
1 mdp里把两个部分定义成两个能量组,mdrun结合-rerun过一遍之前的复合物轨迹,从edr文件里提取两部分之间的MM作用能
2 把复合物轨迹拆分成两个片段各自的并且生成对应的tpr(mdp里开启GB模型设置),对复合物和各片段的轨迹rerun一遍,从相应edr文件里提取整体和两个片段的GBSA模型的溶解自由能,求差得到结合过程的自由能变化

再把1和2相加即可

具体例子没时间写
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

47

帖子

0

威望

201

eV
积分
248

Level 3 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-17 11:46:08 | 只看该作者 Only view this author
谢谢sob老师,也就是说不用amber也是可以计算MMGBSA的,是么?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120181

管理员

公社社长

6#
发表于 Post on 2020-5-21 08:15:18 | 只看该作者 Only view this author
yogurt 发表于 2020-5-17 11:46
谢谢sob老师,也就是说不用amber也是可以计算MMGBSA的,是么?

是,毕竟GROMACS <=2018版是支持GB模型的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

1657

帖子

5

威望

4562

eV
积分
6319

Level 6 (一方通行)

喵星人

7#
发表于 Post on 2021-11-17 13:30:46 | 只看该作者 Only view this author

那么从正常显式溶剂跑的轨迹里提取出来用GB rerun来计算说的通嘛

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120181

管理员

公社社长

8#
发表于 Post on 2021-11-18 05:26:24 | 只看该作者 Only view this author
喵星大佬 发表于 2021-11-17 13:30
那么从正常显式溶剂跑的轨迹里提取出来用GB rerun来计算说的通嘛

说得通

MMPBSA、MMGBSA通常也是那么做的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-17 18:55 , Processed in 0.177577 second(s), 21 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list