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[GROMACS] 求助:gmx rdf计算配位数

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通过gmx rdf命令分别得到了Mg原子周围N原子的rdf和配位数(-cn)曲线,在我之前的理解中rdf曲线的高度大小粗略的可以对应于配位数的大小,但是在我计算的这个体系中却失效了。
(1)我对此有个猜想,根据配位数的定义,需要乘上被计算组的平均密度,而我的不同体系中N原子数量是相同的,而体系的盒子随n1至n7是逐渐增加的,这导致了平均数密度的降低,是否因为这导致了RDF和配位数的不吻合呢?
(2)此结果中,RDF和配位数哪个更能表达N原子在Mg原子周围分布的多少?


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发表于 Post on 2021-3-8 21:54:14 | 只看该作者 Only view this author
1 是

2 显然是配位数。rdf只是用来体现在Mg周围分布的有序度情况
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-9 09:12:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-3-8 21:54
1 是

2 显然是配位数。rdf只是用来体现在Mg周围分布的有序度情况

好的,谢谢老师!

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发表于 Post on 2021-9-18 08:58:30 | 只看该作者 Only view this author
您好,看了您的帖子,我想请教下,MS计算出来的RDF怎么求取配位数呢?我不知道公式里g(r)代表了什么,具体的计算式是什么?有方法可以直接得到配位数的曲线吗?

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