GROMACS后处理计算分子间距离

UPC-Ning

各位老师好，mdrun结束后进行数据后处理，想求解具有聚集特性分子（同种分子）之间的接触次数和不同种类分子之间的接触次数。看到有关文献中处理方法为：计算两个分子质心之间的距离值，设置一个截断如0.5nm，当小于0.5nm时即认为这两个分子接触一次。查看了gmx的各类程序指令，觉得都没有特别合适的。1.想求教有没有老师做过相关分析的，具体用到什么指令呢；
2.还是这种需要自己写脚本进行运算呢？如果需要自己写代码运算的话有没有例子呢？不太清楚代码的格式以及如何进行运算。
谢谢各位老师！

sobereva

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“GROMACS后处理计算分子间距离”改了，以后务必注意

得明确区分“有接触的时间”和“接触次数”
如果是要得到前者，用gmx mindist就可以给出两个组之间最近距离（比用质心距离更合理）随时间的变化，自行统计一下有多少帧小于阈值即可
如果是接触次数，就得考虑先分离然后再接触的事件，这只能自己写脚本实现。靠VMD tcl脚本是相对比较容易的。

UPC-Ning

sobereva 发表于 2021-9-24 09:53
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

我下次一定注意发帖要求，感谢大佬指点！