求助，interface如何得到金属颗粒的力场？

一个小瓜皮 · 发表于 Post on 2021-9-26 15:06:46

我从MS里构建出Fe3o4的球形颗粒，想生成适用于gromacs的力场文件。根据这位老师的教程INTERFACE MD | INTERFACES LABORATORY (bionanostructures.com)安装了interface2gro插件并运行。出现了下面的错误:WARNING inconsistent # of connects on atom 1 type xx/n......
我想请问下该怎么解决这个问题呢？或者有什么其它方法生成适用于gromacs金属颗粒的立场呢?

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-9-26 21:17:46

你到底问的是金属颗粒还是金属氧化物颗粒？

一个小瓜皮 · 发表于 Post on 2021-9-27 09:05:11

wzkchem5 发表于 2021-9-26 21:17
你到底问的是金属颗粒还是金属氧化物颗粒？

谢谢老师的回复，我其实都想知道，但更加迫切想知道金属氧化物。

tjuptz · 发表于 Post on 2021-9-27 11:28:03

你不是在相关群里得到过回复了，得去文献找相关参数，IFF里没有你要的参数

一个小瓜皮 · 发表于 Post on 2021-9-28 09:45:23

tjuptz 发表于 2021-9-27 11:28
你不是在相关群里得到过回复了，得去文献找相关参数，IFF里没有你要的参数

明白了老师，我再去找找相关文献，因为我想做不同尺寸形状的对比，所以想找个通用的方法。我还是想问问那这里的interface是有什么功能呢？我用它给出的例子的gro，转换成car文件也会出现一样的报错，这个原因又是啥呢？

tjuptz · 发表于 Post on 2021-9-28 15:33:21

一个小瓜皮发表于 2021-9-28 09:45
明白了老师，我再去找找相关文献，因为我想做不同尺寸形状的对比，所以想找个通用的方法。我还是想问问那 ...

IFF就是一套参数，他支持的物质在官网都写了。具体啥问题得具体分析，不能简单说

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[GROMACS] 求助，interface如何得到金属颗粒的力场？