请问有基于Charmm36m力场生成Gromacs的itp文件的server或软件吗？

kelvin · 发表于 Post on 2021-9-24 14:56:38

我想用Gromacs跑一个蛋白-配体复合物的分子动力学模拟。然而我的配体小分子是一个含engineered residues的环肽。我目前尝试了利用CGenFF生成相应的itp文件，但是我从CHARMM官网上下载的最新的Charmm36-feb2021.ff中没有我分子中部分bondtype，导致程序报错，请问是否还有其他的类似的server可以像ATB那样提供修改过的力场文件的server或软件呀？

喵星大佬 · 发表于 Post on 2021-9-24 15:28:19

Charmm-gui

kelvin · 发表于 Post on 2021-9-24 15:38:23

喵星大佬发表于 2021-9-24 15:28
Charmm-gui

Charmm-GUI没法生成含修饰氨基酸环肽的输入文件呀

sobereva · 发表于 Post on 2021-9-25 08:45:13

没必要拘泥于CHARMM系

用acpype产生GAFF的拓扑文件多好
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266（http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html）

kelvin · 发表于 Post on 2021-9-25 16:03:01

sobereva 发表于 2021-9-25 08:45
没必要拘泥于CHARMM系

用acpype产生GAFF的拓扑文件多好

感谢老师回复。我之前也是参考您之前发的东西然后用ATB构建了Gromos54A7力场下的itp文件，然而我课题组老师目前在跑空蛋白用的力场是Charmm36m,所以让我换。然而我用CGenFF生成itp文件之后，小分子itp文件里的bond信息好像是生成成键类型然后从力场的ffbonded.itp文件里提取参数，然而问题就出现在了力场中没有小分子中的键，我现在也不知道咋整了。。。。。

sobereva · 发表于 Post on 2021-9-27 10:30:52

kelvin 发表于 2021-9-25 16:03
感谢老师回复。我之前也是参考您之前发的东西然后用ATB构建了Gromos54A7力场下的itp文件，然而我课题组老 ...

自己弄参数，平衡距离用量化程序优化出来的，力常数用此工具得到
http://www.keinsci.com/research/forcefit/

chuxuedexiaobai · 发表于 Post on 2023-7-7 14:18:22

kelvin 发表于 2021-9-25 16:03
**** 作者被禁止或删除内容自动屏蔽 ****

楼主您好，我想问一下，你CGenff网站得到的str如何转变成itp文件的，我下载了哪个工具py但打不开，可以讲讲嘛，非常感谢

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[GROMACS] 请问有基于Charmm36m力场生成Gromacs的itp文件的server或软件吗？

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