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[GROMACS] 周期性边界跑出盒子、不同体系系对比需要满足的条件有哪些?

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1、在模拟计算的时候,溶质是被放置在盒子中央的,在模拟的时候溶质不断远离盒子的中心,想请教一下,如果计算rmsd,看溶质本身相对初始状态的变化,溶质偏移中心会对结果有影响吗?
2、在模拟的时候,设置了周期性边界条件,使用gmx trjconv提取中间过程的架构,发现溶质跑出盒子一部分,呈现了断键的情况,vmd将盒子旁边的也展现出现,就没有了断键,这种情况正常吗?请问如何合理去除周期性,方便计算rmsd?
3、溶质是不变的,溶剂的组分是不变的,溶剂的不同的组分的比例会变化,应该如何设计计算,使得不同的体系有可比性?

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发表于 Post on 2021-9-16 09:02:49 | 只看该作者 Only view this author
1 不会。而且本身算RMSD之前都会消平动转动,分子跑到哪里完全无所谓
2 gmx trjconv接上-pbc mol转换轨迹保持分子完整性
3 看你想比较什么
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-16 20:46:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-9-16 09:02
1 不会。而且本身算RMSD之前都会消平动转动,分子跑到哪里完全无所谓
2 gmx trjconv接上-pbc mol转换轨迹 ...

谢谢老师的解答。
1、请问老师溶质整体的移动很大正常吗?
2、接上了,可是部分原子依旧在盒子外面,不利于计算rmsd。
3、主要想比较rmsd和rdf。

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发表于 Post on 2021-9-17 05:44:04 | 只看该作者 Only view this author
努力向上的boy 发表于 2021-9-16 20:46
谢谢老师的解答。
1、请问老师溶质整体的移动很大正常吗?
2、接上了,可是部分原子依旧在盒子外面,不 ...

1 毕竟分子会自发扩散运动,很正常
2 没有任何影响
3 直接比就行了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-17 11:21:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-9-17 05:44
1 毕竟分子会自发扩散运动,很正常
2 没有任何影响
3 直接比就行了

3、请问老师,对于溶质溶剂质量百分比、盒子大小等等没有要求吗?

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发表于 Post on 2021-9-18 06:18:44 | 只看该作者 Only view this author
努力向上的boy 发表于 2021-9-17 11:21
3、请问老师,对于溶质溶剂质量百分比、盒子大小等等没有要求吗?

没有
但盒子尺寸至少不能太小,否则肯定不合理。而且要用NPT,使盒子尺寸自发调节合理
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-19 08:31:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-9-18 06:18
没有
但盒子尺寸至少不能太小,否则肯定不合理。而且要用NPT,使盒子尺寸自发调节合理

谢谢老师。当溶质跑出盒子外面,利用去周期性等,将溶质保存完整且都处于盒子内部,计算出rmsd,并提取不同时刻的构象图,为什么构象差别很大,但是rmsd趋于平稳呢?

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发表于 Post on 2021-9-20 03:39:16 | 只看该作者 Only view this author
努力向上的boy 发表于 2021-9-19 08:31
谢谢老师。当溶质跑出盒子外面,利用去周期性等,将溶质保存完整且都处于盒子内部,计算出rmsd,并提取不 ...

弄清楚RMSD的定义,虽然构象在模拟过程中不断变化,但相对于参考构象的差异如果并没有继续增加,RMSD最后就是平稳的
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-22 21:05:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-9-18 06:18
没有
但盒子尺寸至少不能太小,否则肯定不合理。而且要用NPT,使盒子尺寸自发调节合理

我想请教一下这个盒子不能太小,一般建立多大的比较合适呢?

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发表于 Post on 2021-9-23 05:09:04 | 只看该作者 Only view this author
努力向上的boy 发表于 2021-9-22 21:05
我想请教一下这个盒子不能太小,一般建立多大的比较合适呢?

跟体系特征有关系,没法简单来说
但一般有机小分子溶液的话几个nm够了
要么一下用一个足够大的盒子(可以参考近些年类似体系在专业期刊上的文献),要么做收敛性测试,如果继续加大盒子对结果没显著影响则当前的盒子就够大
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-24 16:01:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-9-23 05:09
跟体系特征有关系,没法简单来说
但一般有机小分子溶液的话几个nm够了
要么一下用一个足够大的盒子(可 ...

我想请教一下老师,我的体系除了小分子,还有低聚物。我看文章,相同的溶质体系的大小,我的盒子比文章大很多,但是结果是我的溶质跑出了盒子,会有一些断建的问题。
另外,我想请教一下老师,我想去除溶质的平动和转动,但是我的溶质不是蛋白,我想观察溶质在体系的扩散,链与链的分离行为,并且计算rmsd,这样去除平动和转动是可以的吗?

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发表于 Post on 2021-9-25 07:28:21 | 只看该作者 Only view this author
努力向上的boy 发表于 2021-9-24 16:01
我想请教一下老师,我的体系除了小分子,还有低聚物。我看文章,相同的溶质体系的大小,我的盒子比文章大 ...

跑出盒子极为正常,分子又不是不会扩散运动。搞清楚PBC是什么含义

没必要刻意去除。算RMSD之前都会先做fit(或称称align)消除链的平动转动
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-25 20:29:17 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 努力向上的boy 于 2021-9-25 20:31 编辑
sobereva 发表于 2021-9-25 07:28
跑出盒子极为正常,分子又不是不会扩散运动。搞清楚PBC是什么含义

没必要刻意去除。算RMSD之前都会先 ...

谢谢老师的回复。主要是最开始不去除的话,在最后去除周期性的时候,总有部分溶质在盒子外边

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发表于 Post on 2021-9-27 10:31:24 | 只看该作者 Only view this author
努力向上的boy 发表于 2021-9-25 20:29
谢谢老师的回复。主要是最开始不去除的话,在最后去除周期性的时候,总有部分溶质在盒子外边

我没说去周期性,说的是被选择的组的平动转动
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-27 10:48:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-9-27 10:31
我没说去周期性,说的是被选择的组的平动转动

好的谢谢老师。
老师我想请教一下,对于我这样的体系,由小分子组成的溶剂,以及低聚物溶质,目的是观察溶质的分散,需要在模拟的时候,在mdp里面写上去除整个体系的平动和转动的命令吗?我看有的说,需要写一下,这样方便去除体系虚假的旋转一类的。

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