如何用MS模拟前药分子纳米自组装过程，并分析模拟后的氢键、π-π共轭现象？

深爱小李 · 发表于 Post on 2021-10-12 18:48:14

我现在在用MS模拟前药分子自组装过程，Amorphous Cell建模，放了前药分子，水分子，还有个金属离子。然后用Forcite GeomOpt进行结构优化，最后用Forcite Quench进行分子动力学模拟。请问这样是对的吗？最后我想分析自组装100ns后形成的π—π共轭、氢键该怎么才能看见出来呀

wangjie005 · 发表于 Post on 2021-10-17 17:05:30

氢键的话应该是可以在设置栏有个选项设置氢键的长度以及显示氢键

深爱小李 · 发表于 Post on 2021-10-18 19:59:26

wangjie005 发表于 2021-10-17 17:05
氢键的话应该是可以在设置栏有个选项设置氢键的长度以及显示氢键

谢谢你的回复。是的，氢键的显示问题我解决啦，不过π-π共轭的显示还不会

小小陈陈 · 发表于 Post on 2022-9-21 11:00:49

您好楼主，请问Π-Π共轭怎么显示哇？

深爱小李 · 发表于 Post on 2022-9-22 11:26:38

小小陈陈发表于 2022-9-21 11:00
您好楼主，请问Π-Π共轭怎么显示哇？

我用MS没做出来，现在改用gromacs了，还在学习

小祁要暴富 · 发表于 Post on 2022-12-27 22:05:26

深爱小李发表于 2022-9-22 11:26
我用MS没做出来，现在改用gromacs了，还在学习

您好，请问有gromacs做前药分子纳米自组装的教程

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[Material Studio] 如何用MS模拟前药分子纳米自组装过程，并分析模拟后的氢键、π-π共轭现象？

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