Oniom计算将低层也设置成0，这样可行么

yangjunfang · 发表于 Post on 2021-9-18 10:53:51

大家好，我用oniom方法计算时将MM部分设置成了relax，结果MM分子的构型发生了很大的变化，请问这是什么原因，是不是MM分子不可以设置成0？

相关的输入文件和输出的结构如下图

sobereva · 发表于 Post on 2021-9-19 04:47:18

问题莫名其妙
本来笛卡尔坐标的限制性优化的写法里，原子后头-1才是冻结，你写0，低层原子可不得动
在Gaussian中做限制性优化的方法
http://sobereva.com/404（http://bbs.keinsci.com/thread-9022-1-1.html）

而且你都说让MM部分原子relax，优化完了结构没变才新鲜

yangjunfang · 发表于 Post on 2021-9-29 13:57:49

本帖最后由 yangjunfang 于 2021-9-29 14:03 编辑

老师，把MM分子放开之后MM分子确实是动了。我想说的是通常情况下也就是将MM分子冻结，QM分子和MM分子宏观看来结构是不变的，即QM和MM分子的氰基-CN都是直线型，但是将MM放开之后相比QM分子（氰基-CN是直线型的），MM分子氰基-CN变弯曲了（“MM分子relax结果图”中画红圈的部分），这个感觉不太合理。而且我进行了分子动力学模拟，-CN没有变弯曲还是直线型。分子动力学模拟和MM都是使用力场来计算的，但是结果却不一样，所以我想说将MM分子放开之后氰基-CN变弯的这个现象很奇怪，想请教一下将MM分子放开之后-CN变弯曲这个能说明什么问题？是我的方法有问题吗？

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[Gaussian/gview] Oniom计算将低层也设置成0，这样可行么