计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 26866|回复 Reply: 15
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Gaussian/gview] Gaussian或Gaussview如何实现SOMO

[复制链接 Copy URL]

117

帖子

0

威望

1126

eV
积分
1243

Level 4 (黑子)

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
大家好:
请教大家几个问题;

对于电子贴敷或自由基类,文献中提到“the singly occupied molecular orbitals (SOMOs) of the electron attached states”,
我用gaussview画出的HOMO,LUMO以及spin density图都与文献中的SOMO不一致,我的问题是:
1. SOMO与HOMO,LUMO的区别是什么?
2. SOMO可以用Gamess-US实现,请问Gaussian和view怎么实现呢?


谢谢大家!:)

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120109

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2014-11-25 22:34:15 | 只看该作者 Only view this author
HOMO、LUMO是对于闭壳层体系而言的。SOMO是对于开壳层体系而言的,指单占据的轨道,如图所示

只要是支持ROHF或RODFT的程序就都能得到SOMO。

比如#P ROB3LYP/6-31G*计算,然后把chk文件转换为fch文件,载入进Multiwfn,进主功能0,文本窗口就会提示哪个是SOMO,然后在图形窗口的轨道列表里点击相应编号即可看到SOMO图形。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

117

帖子

0

威望

1126

eV
积分
1243

Level 4 (黑子)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2014-11-25 22:48:07 | 只看该作者 Only view this author
谢谢sobereva老师!我这就去试试!:)

117

帖子

0

威望

1126

eV
积分
1243

Level 4 (黑子)

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2014-11-25 23:43:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva老师您好:

附件fig1是文献中用Gamess-US作出的丙酮的SOMO图,fjg2是我用Multiwfn做出的SOMO图,fig3是用view做出的HOMO图,跟文献中不太一样,是不是因为8.2ev的问题?

fig1.png (339.26 KB, 下载次数 Times of downloads: 78)

fig1.png

fig2.png (29.17 KB, 下载次数 Times of downloads: 72)

fig2.png

fig3.png (26.71 KB, 下载次数 Times of downloads: 80)

fig3.png

117

帖子

0

威望

1126

eV
积分
1243

Level 4 (黑子)

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2014-11-25 23:47:46 | 只看该作者 Only view this author
这是一篇相关文献。谢谢sobereva老师!

1.4898144.pdf

1.16 MB, 下载次数 Times of downloads: 76

117

帖子

0

威望

1126

eV
积分
1243

Level 4 (黑子)

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2014-11-26 00:28:09 | 只看该作者 Only view this author
附件是用#p rob3lyp/6-311+g*计算的fchk文件

是不是文献中的SOMO图只能用Gamess-US画了?

谢谢!

acetone-somo.fchk

382.3 KB, 下载次数 Times of downloads: 26

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120109

管理员

公社社长

7#
发表于 Post on 2014-11-26 08:21:35 | 只看该作者 Only view this author
对于画SOMO,不存在“只能用GAMESS-US”的情况
什么程序用RO算出来的都是SOMO,画出来都是一样的。
Multiwfn和gview画出来的也是完全一样的,只要你把isovalue设为相同(Multiwfn的isovalue比gview默认的大)

和文中的差异可能在于:理论方法不同,基组不同(文中还额外以even-temper方式又加了s和p弥散),等值面数值不同,绘制的SOMO不是一般意义的SOMO。最后一点最有可能,基态下的SOMO能量不可能那么高,我没仔细看他的文章,他所谓的SOMO大抵只是某个空轨道上后来占了个电子后的情况,因此实际上画的是某个虚轨道而已。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

117

帖子

0

威望

1126

eV
积分
1243

Level 4 (黑子)

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2014-11-26 12:04:56 | 只看该作者 Only view this author
非常感谢sobereva老师,您的耐心细致讲解,使我收获很大,我会再仔细阅读文献,并继续学习Multiwfn这个强大的软件!

谢谢您!

177

帖子

0

威望

1567

eV
积分
1744

Level 5 (御坂)

9#
发表于 Post on 2014-11-28 11:02:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2014-11-25 22:34
HOMO、LUMO是对于闭壳层体系而言的。SOMO是对于开壳层体系而言的,指单占据的轨道,如图所示

只要是支持 ...

现在文献中关于SOMO的用法比较混乱,其实个人认同Sob的观点,只有在RO框架下才有SOMO的概念,HOMO其实是特指双占据。但是现在不少用unrestricted方法做的有关自由基的计算都会用SOMO的概念,其实对应的都是HOMO(α)

30

帖子

0

威望

153

eV
积分
183

Level 3 能力者

10#
发表于 Post on 2016-6-28 22:21:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2014-11-25 22:34
HOMO、LUMO是对于闭壳层体系而言的。SOMO是对于开壳层体系而言的,指单占据的轨道,如图所示

只要是支持 ...

是使用rob3lyp做单点能计算吗?  那优化的过程也必须用rob3lyp来做吗?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120109

管理员

公社社长

11#
发表于 Post on 2016-6-29 02:09:55 | 只看该作者 Only view this author
zhangyina 发表于 2016-6-28 22:21
是使用rob3lyp做单点能计算吗?  那优化的过程也必须用rob3lyp来做吗?


是。优化过程用RO还是U都可以,U速度更快结果更接近实际。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

87

帖子

0

威望

1969

eV
积分
2056

Level 5 (御坂)

12#
发表于 Post on 2017-6-21 11:35:00 | 只看该作者 Only view this author
这篇文章中也是计算含自由基分子的SOMO轨道的。没有SOMO计算经验,想请教各位老师。本文中用的是UCAM-B3LYP/6-31G(d,p)计算的SOMO。然后给出了自旋密度分布。在网上找到说是自旋密度的定义就是alpha电子密度减去beta电子的密度?这个密度怎么算?附件中还给出自旋污染S^^2?这个怎么算?

捕1.GIF (44.27 KB, 下载次数 Times of downloads: 63)

捕1.GIF

anie201602997-sup-0001-misc_information.pdf

3.57 MB, 下载次数 Times of downloads: 53

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120109

管理员

公社社长

13#
发表于 Post on 2017-6-21 13:59:58 | 只看该作者 Only view this author
guoy14iccas 发表于 2017-6-21 11:35
这篇文章中也是计算含自由基分子的SOMO轨道的。没有SOMO计算经验,想请教各位老师。本文中用的是UCAM-B3LYP ...


谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算
http://sobereva.com/353

U是非限制性开壳层计算,此时根本就没有SOMO。SOMO是对RO计算而言的。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

87

帖子

0

威望

1969

eV
积分
2056

Level 5 (御坂)

14#
发表于 Post on 2017-6-21 15:27:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-6-21 13:59
谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算
http://sobereva.com/353

谢谢sob老师。

294

帖子

2

威望

3014

eV
积分
3348

Level 5 (御坂)

15#
发表于 Post on 2021-10-3 15:42:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2014-11-25 22:34
HOMO、LUMO是对于闭壳层体系而言的。SOMO是对于开壳层体系而言的,指单占据的轨道,如图所示

只要是支持 ...

除了RO以外,UDFT应该也能得到SOMOs。

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-14 04:12 , Processed in 0.160625 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list