计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 6256|回复 Reply: 5
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 请问大家用什么软件构建二硫键突变

[复制链接 Copy URL]

182

帖子

0

威望

4198

eV
积分
4380

Level 6 (一方通行)

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
一直都是用D S构建二硫键进行突变的,准备写文章但没有版权,想问哪些免费软件可以?modller 同源建模的话会把整个蛋白氨基酸的坐标也会优化,因为只用于静态模拟,所以希望不要优化整个蛋白氨基酸



6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125152

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2021-10-7 22:49:07 | 只看该作者 Only view this author
我不晓得你说的突变具体指怎么突变
如果就是对初始结构替换残基,没必要刻意对程序进行引用,本身也有很多程序都可以实现,诸如WHAT IF服务器、pdb fixer等
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

357

帖子

2

威望

4718

eV
积分
5115

Level 6 (一方通行)

3#
发表于 Post on 2021-10-8 08:52:39 | 只看该作者 Only view this author
感觉pymol, free maestro很多应该都是可以的。

1665

帖子

5

威望

4788

eV
积分
6553

Level 6 (一方通行)

喵星人

4#
发表于 Post on 2021-10-8 15:04:03 | 只看该作者 Only view this author
DS建模本来也是免费的啊,保存成pdb用Gromacs退火跑平衡提取提取结构再优化一下也不是啥难事

182

帖子

0

威望

4198

eV
积分
4380

Level 6 (一方通行)

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-9 09:18:03 | 只看该作者 Only view this author
喵星大佬 发表于 2021-10-8 15:04
DS建模本来也是免费的啊,保存成pdb用Gromacs退火跑平衡提取提取结构再优化一下也不是啥难事

这样子么。我还以为免费的DS就只能做个图

1665

帖子

5

威望

4788

eV
积分
6553

Level 6 (一方通行)

喵星人

6#
发表于 Post on 2021-10-9 10:11:49 | 只看该作者 Only view this author
azero 发表于 2021-10-9 09:18
这样子么。我还以为免费的DS就只能做个图

不用服务器端就能做的功能都是免费的

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-23 12:33 , Processed in 0.154866 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list