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[GROMACS] 请教GROMACS对异常二面角四个原子顺序的要求

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请问GROMACS对拓扑文件中定义异常二面角的四个原子的顺序有要求吗?谢谢。

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发表于 Post on 2023-3-15 11:31:28 | 只看该作者 Only view this author
直接说improper,说异常二面角显得怪怪的
和一般二面角定义规则一致
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-15 12:31:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-3-15 11:31
直接说improper,说异常二面角显得怪怪的
和一般二面角定义规则一致

Sob老师,我还是不太理解。比如对于A-B-(C)-D这种improper,中心原子是B,A、C和D均与B相连。定义这个improper时,A、B、C、D的顺序是不是不重要?谢谢

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发表于 Post on 2023-3-15 13:06:31 | 只看该作者 Only view this author
iuhgnor 发表于 2023-3-15 12:31
Sob老师,我还是不太理解。比如对于A-B-(C)-D这种improper,中心原子是B,A、C和D均与B相连。定义这个imp ...

对应的是ABC和BCD平面的二面角,根据这个规则自己自然能想清楚
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-15 13:14:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-3-15 13:06
对应的是ABC和BCD平面的二面角,根据这个规则自己自然能想清楚

Sob老师,抱歉我没有把问题表述清楚,A、B、C和D按照不同顺序定义的improper是不是等价的?比如A-B-C-D和A-B-D-C两个improper,都是将4个原子约束在一个平面上,在拓扑文件中写哪一个,结果是不是一样的?

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发表于 Post on 2023-3-15 13:44:41 | 只看该作者 Only view this author
iuhgnor 发表于 2023-3-15 13:14
Sob老师,抱歉我没有把问题表述清楚,A、B、C和D按照不同顺序定义的improper是不是等价的?比如A-B-C-D和 ...

不总是等价关系。gromacs手册里搜Improper dihedrals are meant to keep planar groups看示意图
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sobereva 发表于 2023-3-15 13:44
不总是等价关系。gromacs手册里搜Improper dihedrals are meant to keep planar groups看示意图

Sob老师,谢谢您的回复。我在Gromacs论坛和mailing list上搜索到关于improper四个原子顺序的讨论,有的说中心原子应该在首位 (Aw: [gmx-users] Order of atoms in topology),有的说顺序不重要 (The atom order (i,j,k,l) in defining an improper dihedral in Gromacs using the OPLS-AA force field)。
请问,在定义improper应该以什么标准确定原子顺序?对于A-B-(C)-D这种improper,按照Gromacs手册的说法,似乎中心原子在首位即可,对其他三个原子的顺序没有要求,这样理解对吗?


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发表于 Post on 2023-3-15 14:01:41 | 只看该作者 Only view this author
iuhgnor 发表于 2023-3-15 14:00
Sob老师,谢谢您的回复。我在Gromacs论坛和mailing list上搜索到关于improper四个原子顺序的讨论,有的说 ...

如果你的目的就是维持ijkl局部的平面性,C和D的顺序是不重要,都能起到维持平面性的效果,可以视为实际效果上等价,因此不需要较真。只不过两种情况在几何上并不严格等价。
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