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[GROMACS] 固液界如何做液体的径向分布函数?

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我做的是固液界面,请问如何做液体的径向分布函数?
我看文献上有做液体对界面上原子的径向分布函数,可是我做出来的很混乱,而且最后不是1.
gmx_mpi rdf -f md_nvt_nopbc.xtc -s md_nvt.tpr -n index.ndx -o rdf.xvg -b 90000 -e 100000 -seltype mol_com
我想计算的是液体分子,而不是原子,所以加了
-seltype mol_com

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rdf

rdf

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发表于 Post on 2017-5-13 13:12:34 | 只看该作者 Only view this author
你的做法没错,但是rdf体现的是原子附近球平均化的分布,对于讨论界面体系不算很合适。
明显不如绘制沿着界面法向量的粒子分布,用gmx density命令实现。
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发表于 Post on 2017-9-8 04:24:25 | 只看该作者 Only view this author
你好,我最近也想做固液表面模拟,但是不太清楚怎么set up体系,请问你可以指点一下吗?谢谢

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发表于 Post on 2017-9-8 07:46:09 | 只看该作者 Only view this author
mz325 发表于 2017-9-8 04:24
你好,我最近也想做固液表面模拟,但是不太清楚怎么set up体系,请问你可以指点一下吗?谢谢

把固体上面扩展出一定大小的真空层,填充液体分子就完了
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发表于 Post on 2017-9-26 05:09:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-9-8 07:46
把固体上面扩展出一定大小的真空层,填充液体分子就完了

谢谢您的回答。可否指点一下如何生成topology file呢?尤其是metal slab 或者mica之类的,原子数目多,还有自由原子。我们对于小分子都是手写topology,遇到这种solid slab,就不能手写了吧?我们组没人有经验,希望您可以教一下。谢谢啦

P. S. Sobereva老师,我看到您的CNT模拟的教程,但是练习的时候说 “No or incorrect atomname2type.n2t file found", 不知道是什么情况。

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发表于 Post on 2017-9-27 11:23:43 | 只看该作者 Only view this author
mz325 发表于 2017-9-26 05:09
谢谢您的回答。可否指点一下如何生成topology file呢?尤其是metal slab 或者mica之类的,原子数目多,还 ...


金属板这种体系每个原子当做独立的粒子,例如金属团簇+水体系

#include "gromos54a7.ff/forcefield.itp"
#include "gromos54a7.ff/spce.itp"

[ moleculetype ]
; molname   nrexcl
AU         1

[ atoms ]
; id    at type res nr  residu name at name  cg nr  charge   mass
1       AU    1       AU         AU       1      0.0        196.9665

[ system ]
Au_rod

[ molecules ]
AU  41385

其中AU的参数定义已经合并到了forcefield.itp里引入的atomtypes了

第二个问题是程序没找到n2t文件,放的位置不合适或者没写
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发表于 Post on 2017-9-27 22:29:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-9-27 11:23
金属板这种体系每个原子当做独立的粒子,例如金属团簇+水体系

#include "gromos54a7.ff/forcefield. ...

谢谢您。

我把那个n2t文件放在文件夹share/top/gromos54a7.ff 文件夹下面,然后把您给的三行content复制粘贴过去的。不知道这跟版本有没有关系?我用的是gromacs 2016.1 (也是看您的教程安装哒:)

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发表于 Post on 2017-9-27 22:43:29 | 只看该作者 Only view this author
mz325 发表于 2017-9-27 22:29
谢谢您。

我把那个n2t文件放在文件夹share/top/gromos54a7.ff 文件夹下面,然后把您给的三行content复 ...

文件名是atomname2type.n2t么?选的力场确实是这个力场么?
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发表于 Post on 2017-9-28 00:14:09 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 mz325 于 2017-9-28 09:38 编辑
sobereva 发表于 2017-9-27 22:43
文件名是atomname2type.n2t么?选的力场确实是这个力场么?

我搞定啦!之前是放错了文件夹,应该放到local那个。抱歉啦。

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发表于 Post on 2017-10-4 05:42:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-9-27 11:23
金属板这种体系每个原子当做独立的粒子,例如金属团簇+水体系

#include "gromos54a7.ff/forcefield. ...

Sobereva老师您好,我在别处找到了您“在Gromacs中模拟金纳米线拉伸过程”的教程,试着做了一下真空中金属板的平衡,结束后发现体系确实结实,但原子有稍许移位。所以想问一下,要是把金属板和液体结合起来模拟固液界面液体分子排布,金属板原子移位对其有影响吗?是否需要特别规定固定金属原子?另外固液体系的mdp 文件该怎么处理? 以液体的mdp 文件为准吗?

谢谢您啦

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发表于 Post on 2017-10-4 11:53:52 | 只看该作者 Only view this author
mz325 发表于 2017-10-4 05:42
Sobereva老师您好,我在别处找到了您“在Gromacs中模拟金纳米线拉伸过程”的教程,试着做了一下真空中金 ...

稍微移位几个没什么关系,而且现实中说不定也会有少许移位。模拟一个平面金属板,表面的金属不会移位的,容易移位的都是边边角角的地方。不用固定,但固定了也没问题。
mdp没有什么特殊的。
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发表于 Post on 2017-10-5 22:43:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-10-4 11:53
稍微移位几个没什么关系,而且现实中说不定也会有少许移位。模拟一个平面金属板,表面的金属不会移位的, ...

好的,谢谢您啦。我现在试着运行一个体系,看最后盒子会成什么样子吧:) 对了,我在固液上方留了vaccum space而且用了pbc。不知道是否应该只在xy方向pbc。

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发表于 Post on 2017-10-5 23:26:06 | 只看该作者 Only view this author
mz325 发表于 2017-10-5 22:43
好的,谢谢您啦。我现在试着运行一个体系,看最后盒子会成什么样子吧:) 对了,我在固液上方留了vaccum sp ...


如果z方向不用pbc的话,一个麻烦是有可能模拟过程中有分子逸出,越跑越远,导致研究的对象当中分子数目越来越少,还可能逸出的分子坐标最后变得巨大,影响观看和分析。
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发表于 Post on 2017-10-7 06:09:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-10-5 23:26
如果z方向不用pbc的话,一个麻烦是有可能模拟过程中有分子逸出,越跑越远,导致研究的对象当中分子数目 ...

我是三个方向都用了pbc。看来如果只xy方向用的话,要用NVT了吧。
老师我想请教一下,如果想给金属板或石墨板加电势该怎么操作呢?是每个金属原子带相同量的电荷,还是只表面一层金属原子带电荷,还是其他的操作?怎么知道系统是带几伏的电势?
谢谢您

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发表于 Post on 2022-1-26 02:29:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-9-27 22:43
文件名是atomname2type.n2t么?选的力场确实是这个力场么?

@sobereva sob老师您好,我在按照gromacs培训班视频练习时也出现了和这位同学一样的问题。按照教程我在54a7力场目录下建立了atomname2type.n2t文件并写入了相应内容,经检查力场目录及文件内容都无误,可是生成top文件时依然报错No or incorrect atomname2type.n2t file found.(如图)

请问是否可能因为文件内空格/制表符/末尾空行不同导致上面这样的错误发生呢?期待您的指导,谢谢老师!

心之所向,日复一日,必有精进

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