计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 4720|回复 Reply: 4
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Amber] amber中的groupfile具体是什么意思?

[复制链接 Copy URL]

26

帖子

0

威望

328

eV
积分
354

Level 3 能力者

有人知道amber的groupfile什么意思吗?如下图,没怎么看懂,这里的意思是-ng等4的时候,就同时进行4个模拟?还有就是,这几个模拟是单独运行的吗?他们之前有没有相互联系调用什么的?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2021-10-16 03:06:58 | 只看该作者 Only view this author

看语境,跟任务有关
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

26

帖子

0

威望

328

eV
积分
354

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-16 09:20:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-10-16 03:06

看语境,跟任务有关

谢谢社长,如果模拟之间相互没有联系的话,我可不可以把
>> mpirun -np 4 sander.MPI -ng 2 -gropufile groupfile
groupfile:
-O -i mdin1 -c inpcrd1 -p prmtop1
-O -i mdin2 -c inpcrd2 -p prmtop2
理解为:
>> mpirun -np 2 sander.MPI -O -i mdin1 -c inpcrd1 -p prmtop1
>> mpirun -np 2 sander.MPI -O -i mdin2 -c inpcrd2 -p prmtop2

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2021-10-16 18:33:25 | 只看该作者 Only view this author
尘劫 发表于 2021-10-16 09:20
谢谢社长,如果模拟之间相互没有联系的话,我可不可以把
>> mpirun -np 4 sander.MPI -ng 2 -gropufile  ...

我没实际用过,应该是这个意思
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

67

帖子

0

威望

1305

eV
积分
1372

Level 4 (黑子)

5#
发表于 Post on 2021-10-16 22:45:07 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 chenbq18 于 2021-10-16 22:46 编辑
尘劫 发表于 2021-10-16 09:20
谢谢社长,如果模拟之间相互没有联系的话,我可不可以把
>> mpirun -np 4 sander.MPI -ng 2 -gropufile  ...

这个是在做副本交换的MD吧 四个groupfile有联系的。建议看看tutorial

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-22 01:41 , Processed in 0.192785 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list